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- PDB-2ky5: Solution structure of the PECAM-1 cytoplasmic tail with DPC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ky5
タイトルSolution structure of the PECAM-1 cytoplasmic tail with DPC
要素Platelet endothelial cell adhesion molecule
キーワードCELL ADHESION / PECAM-1 / ITIM / signal transduction / membrane association / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to cell-cell junction / diapedesis / cell recognition / glomerular endothelium development / monocyte extravasation / neutrophil extravasation / platelet alpha granule membrane / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / bicellular tight junction assembly / negative regulation of immune response ...positive regulation of protein localization to cell-cell junction / diapedesis / cell recognition / glomerular endothelium development / monocyte extravasation / neutrophil extravasation / platelet alpha granule membrane / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / bicellular tight junction assembly / negative regulation of immune response / establishment of endothelial barrier / leukocyte cell-cell adhesion / Platelet sensitization by LDL / maintenance of blood-brain barrier / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / PECAM1 interactions / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / secretory granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell junction / Platelet degranulation / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C17orf99, Ig domain / C17orf99 Ig domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...C17orf99, Ig domain / C17orf99 Ig domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet endothelial cell adhesion molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Lytle, B.L. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Paddock, C. / Newman, D.K. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Blood / 年: 2011
タイトル: Residues within a lipid-associated segment of the PECAM-1 cytoplasmic domain are susceptible to inducible, sequential phosphorylation.
著者: Paddock, C. / Lytle, B.L. / Peterson, F.C. / Holyst, T. / Newman, P.J. / Volkman, B.F. / Newman, D.K.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet endothelial cell adhesion molecule


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9881
ポリマ－5,9881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Platelet endothelial cell adhesion molecule / PECAM-1 / EndoCAM / GPIIA' / PECA1


分子量: 5988.368 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 685-737 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PECAM-1, PECAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[pREP4] / 参照: UniProt: P16284

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY (AROMATIC)
NMR実験の詳細Text: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT AND ITERATIVE NOE REFINEMENT.

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PECAM-1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 600 mM [U-100% 2H] DPC, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPECAM-1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
600 mMDPC-5[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 52 / pH: 7.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.9.3SCHWIETERS,C.D.,KUSZEWSKI,J.J.,TJANDRA,N.,CLORE,G.M.精密化
TopSpin2.1Brukercollection
NMRPipe2009Delagio,F. et al.解析
XEASY1.3Eccles, C., Guntert, P., Billeter, M., Wuthrich, K.データ解析
GARANT2.1C. Bartelsデータ解析
CYANA2.1Guntert, P.structural calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 164 NOE CONSTRAINTS ( 81 INTRA, 42 SEQUENTIAL, 41 MEDIUM and 0 LONG RANGE CONSTRAINTS) AND 33 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.FINAL STRUCTURES WERE ...詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 164 NOE CONSTRAINTS ( 81 INTRA, 42 SEQUENTIAL, 41 MEDIUM and 0 LONG RANGE CONSTRAINTS) AND 33 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT.
NMR constraintsNOE constraints total: 164 / NOE intraresidue total count: 81 / NOE medium range total count: 41 / NOE sequential total count: 42
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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