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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ky0 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | The Structure of RNA Internal Loops with Tandem AG Pairs: 5'GAGC/3'CGAG | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / tandem AG pairs / thermodynamics / imino AG pair / dual syn GG pair / extrahelical U | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | Model details | closest to the average, model 1 | ![]() Hammond, N.B. / Kennedy, S.D. / Turner, D.H. | ![]() ![]() タイトル: RNA internal loops with tandem AG pairs: the structure of the 5'GAGU/3'UGAG loop can be dramatically different from others, including 5'AAGU/3'UGAA. 著者: Hammond, N.B. / Tolbert, B.S. / Kierzek, R. / Turner, D.H. / Kennedy, S.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 321.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 385.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3545.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Tandem AG pairs with GC closing pairs: r(GACGAGCGUCA)2 | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |