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万見
- PDB-2kxl: Solution structure of a bacterial cyclic nucleotide-activated K+ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxl
タイトルSolution structure of a bacterial cyclic nucleotide-activated K+ channel binding domain in the unliganded state
要素Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cyclic Nucleotide Binding Domain (CNBD) / Ion Channel / Protein Phosphate Binding Cassette in the Apo State / helical portion / beta barrel core
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / potassium channel activity / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 15
データ登録者Schunke, S. / Stoldt, M. / Willbold, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural insights into conformational changes of a cyclic nucleotide-binding domain in solution from Mesorhizobium loti K1 channel.
著者: Schunke, S. / Stoldt, M. / Lecher, J. / Kaupp, U.B. / Willbold, D.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9831
ポリマ－14,9831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 / MlotiK1 channel


分子量: 14983.222 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 216-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: mll3241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: Q98GN8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HN(CA)CB
1423D HNCO
1523D HNHA
1623D (H)CCH-TOCSY
1723D (H)CCH-COSY
1813D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11022D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-15N] MloK1 CNBD, 10 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 % [U-100% 2H] D2O, 95 % H2O, 200 uM EDTA, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] MloK1 CNBD, 10 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 % [U-100% 2H] D2O, 95 % H2O, 200 uM EDTA, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMloK1 CNBD-1[U-15N]1
10 mMTRIS-2[U-99% 2H]1
100 mMsodium chloride-31
0.02 %sodium azide-41
5 %D2O-5[U-100% 2H]1
95 %H2O-61
200 uMEDTA-71
0.5 mMMloK1 CNBD-8[U-13C; U-15N]2
10 mMTRIS-9[U-99% 2H]2
100 mMsodium chloride-102
0.02 %sodium azide-112
5 %D2O-12[U-100% 2H]2
95 %H2O-132
200 uMEDTA-142
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker INOVABrukerINOVA8001
Bruker INOVABrukerINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2380 / NOE intraresidue total count: 665 / NOE long range total count: 632 / NOE medium range total count: 456 / NOE sequential total count: 627
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / Maximum upper distance constraint violation: 0.17 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev error: 0.02 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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