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- PDB-2kwv: Solution Structure of UBM1 of murine Polymerase iota in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kwv
タイトルSolution Structure of UBM1 of murine Polymerase iota in Complex with Ubiquitin
要素
  • DNA polymerase iotaPOLI
  • Ubiquitinユビキチン
キーワードPROTEIN BINDING/SIGNALING PROTEIN / polymerase iota / ubiquitin (ユビキチン) / ubiquitin-binding motif / UBM / TLS / PROTEIN BINDING-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / : / : / protein modification process => GO:0036211 / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development ...Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / : / : / protein modification process => GO:0036211 / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / cellular response to UV-C / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / DNA修復 / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / cytosolic ribosome / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / グリコーゲン合成 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / neuron projection morphogenesis / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / regulation of mitochondrial membrane potential / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of protein ubiquitination / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / TCF dependent signaling in response to WNT / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin-like domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Burschowsky, D. / Rudolf, F. / Rabut, G. / Herrmann, T. / Peter, M. / Wider, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural analysis of the conserved ubiquitin-binding motifs (UBMs) of the translesion polymerase iota in complex with ubiquitin.
著者: Burschowsky, D. / Rudolf, F. / Rabut, G. / Herrmann, T. / Matthias, P. / Wider, G.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX: DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase iota
B: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7072
ポリマ－13,7072
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DNA polymerase iota / POLI / Rad30 homolog B


分子量: 5130.650 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal ubiquitin-binding motif (UNP residues 487-532)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Poli, Rad30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 / 参照: UniProt: Q6R3M4
#2: タンパク質 Ubiquitin / ユビキチン


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A, UBA80, UBCEP1, UBA52, UBCEP2, UBB, UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG47*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HN(CA)CB
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-15N TOCSY
1423D 1H-13C NOESY
1523D (H)CCH-COSY
1612D 1H-15N HSQC
1722D 1H-13C HSQC
1843D HN(CA)CB
1933D 1H-15N NOESY
11033D 1H-15N TOCSY
11143D 1H-13C NOESY
11243D (H)CCH-COSY
11332D 1H-15N HSQC
11442D 1H-13C HSQC
11523D 1H-13C-filtered-13C-edited NOESY
11643D 1H-13C-filtered-13C-edited NOESY
11753D 1H-13C-filtered-13C-edited NOESY
11853D 1H-13C-AROMATIC NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM [U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM1, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM1, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
34-8 mM DNA polymerase iota UBM1, 1-2 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
44-8 mM DNA polymerase iota UBM1, 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
51.0 mM DNA polymerase iota UBM1, 4 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMDNA polymerase iota UBM1-1[U-99% 15N]1-21
mMUbiquitin-24-81
25 mMsodium phosphate-31
25 mMsodium chloride-41
100 mMpotassium chloride-51
2 mMCHAPS-61
0.15 mMPMSF-71
0.2 %sodium azide-81
mMDNA polymerase iota UBM1-9[U-95% 13C; U-99% 15N]1-22
mMUbiquitin-104-82
25 mMsodium phosphate-112
25 mMsodium chloride-122
100 mMpotassium chloride-132
2 mMCHAPS-142
0.15 mMPMSF-152
0.2 %sodium azide-162
mMDNA polymerase iota UBM1-174-83
mMUbiquitin-18[U-99% 15N]1-23
25 mMsodium phosphate-193
25 mMsodium chloride-203
100 mMpotassium chloride-213
2 mMCHAPS-223
0.15 mMPMSF-233
0.2 %sodium azide-243
mMDNA polymerase iota UBM1-254-84
mMUbiquitin-26[U-95% 13C; U-99% 15N]1-24
25 mMsodium phosphate-274
25 mMsodium chloride-284
100 mMpotassium chloride-294
2 mMCHAPS-304
0.15 mMPMSF-314
0.2 %sodium azide-324
mMDNA polymerase iota UBM1-331-25
mMUbiquitin-34[U-95% 13C; U-99% 15N]4-85
25 mMsodium phosphate-355
25 mMsodium chloride-365
100 mMpotassium chloride-375
2 mMCHAPS-385
0.15 mMPMSF-395
0.2 %sodium azide-405
試料状態イオン強度: 0.189 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
MOLMOL2k.2Koradi, Billeter and Wuthrichgeometry optimization
UNIO'081.0.4T. Herrmannpeak picking
UNIO'081.0.4T. Herrmannchemical shift assignment
UNIO'081.0.4T. Herrmann構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
CARA1.8.4R. Kellerデータ解析
CARA1.8.4R. Kellerchemical shift assignment
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2862 / NOE intraresidue total count: 684 / NOE long range total count: 630 / NOE medium range total count: 723 / NOE sequential total count: 825
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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