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万見
- PDB-2kwd: Supramolecular Protein Structure Determination by Site-Specific L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kwd
タイトルSupramolecular Protein Structure Determination by Site-Specific Long-Range Intermolecular Solid State NMR Spectroscopy
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / GB1 / Crystal Packing / Solid-State / Quaternary Structure / TEDOR
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法個体NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 2
データ登録者Nieuwkoop, A.J. / Rienstra, C.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Supramolecular protein structure determination by site-specific long-range intermolecular solid state NMR spectroscopy.
著者: Nieuwkoop, A.J. / Rienstra, C.M.
履歴
登録2010年4月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G
B: Immunoglobulin G-binding protein G
C: Immunoglobulin G-binding protein G
D: Immunoglobulin G-binding protein G
E: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1445
ポリマ－31,1445
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 600structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体
Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6228.809 Da / 分子数: 5 / 変異: T2Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19909

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR / 詳細: Crystal Packing of GB1
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 15N-13C TEDOR
1212D 15N-13C TEDOR
1332D 15N-13C TEDOR
NMR実験の詳細Text: 11.111 kHz MAS

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mg [U-1,3-13C-glycerol; U-100% 15N] GB1-1, solidsolid
250 % [U-1,3-13C-glycerol] GB1-2, 50 % [U-99% 15N] GB1-3, solidsolid
320 mg [U-2-13C-glycerol; U-100% 15N] GB1-4, solidsolid
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mg/mLGB1-1[U-1,3-13C-glycerol; U-100% 15N]1
50 %GB1-2[U-1,3-13C-glycerol]2
50 %GB1-3[U-99% 15N]2
20 mg/mLGB1-4[U-2-13C-glycerol; U-100% 15N]3
試料状態圧: 1 atm / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Infinity Plus / 製造業者: Varian / モデル: Infinity Plus / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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