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万見
- PDB-2kw3: Heterotrimeric interaction between RFX5 and RFXAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kw3
タイトルHeterotrimeric interaction between RFX5 and RFXAP
要素
  • DNA-binding protein RFX5
  • Regulatory factor X-associated protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MHCII / RFX5 / RFXAP / Enhanceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of MHC class II biosynthetic process / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...positive regulation of MHC class II biosynthetic process / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1290 / Regulatory factor X-associated C-terminal binding domain / Regulatory factor X-associated protein, RFXANK-binding domain / RFXAP, C-terminal domain superfamily / Regulatory factor X-associated C-terminal binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / RFX5, C-terminal / RFX5 DNA-binding domain / RFX5 DNA-binding domain / RFX5 N-terminal domain ...Helix Hairpins - #1290 / Regulatory factor X-associated C-terminal binding domain / Regulatory factor X-associated protein, RFXANK-binding domain / RFXAP, C-terminal domain superfamily / Regulatory factor X-associated C-terminal binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / RFX5, C-terminal / RFX5 DNA-binding domain / RFX5 DNA-binding domain / RFX5 N-terminal domain / RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory factor X-associated protein / DNA-binding protein RFX5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Laird, K.M. / Briggs, L.L. / Boss, J.M. / Summers, M.F. / Garvie, C.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the heterotrimeric complex between RFX5 and RFXAP reveals molecular details associated with MHCII gene expression
著者: Laird, K.M. / Briggs, L.L. / Boss, J.M. / Summers, M.F. / Garvie, C.W.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein RFX5
B: DNA-binding protein RFX5
C: Regulatory factor X-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0273
ポリマ－22,0273
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein RFX5 / Regulatory factor X 5


分子量: 7466.284 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFX5 / 参照: UniProt: P48382
#2: タンパク質 Regulatory factor X-associated protein / RFX-associated protein / RFX DNA-binding complex 36 kDa subunit


分子量: 7094.037 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 214-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFXAP / 参照: UniProt: O00287

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H NOESY
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-98% 15N] RFX5 and RFXAP-1, 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] RFX5 and RFXAP-2, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRFX5 and RFXAP-1[U-98% 15N]1
1 mMRFX5 and RFXAP-2[U-98% 13C; U-98% 15N]1
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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