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万見
- PDB-2kvz: Structure of residues 161-235 of putative peptidoglycan binding p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kvz
タイトルStructure of residues 161-235 of putative peptidoglycan binding protein lmo0835 from Listeria monocytogenes: target LmR64B of the Northeast Structural Genomics Consortium
要素IspE
キーワードStructural Genomics / Unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Putative peptidoglycan bound protein (lpxtg motif) / MucBP domain / MucBP domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / IspE
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailsno criteria, model 1
データ登録者Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of residues 161-235 of putative peptidoglycan binding protein lmo0835 from Listeria monocytogenes: target LmR64B of the Northeast Structural Genomics Consortium
著者: Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IspE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7851
ポリマ－9,7851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40low energy, few violations, favoravle backbone torsions
代表モデルモデル #1no criteria

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要素

#1: タンパク質 IspE


分子量: 9785.021 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 161-235 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: ispE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3RI37

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HBHA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11013D C(CO)NH
11134D (H)CCH HMQC-NOESY-HMQC
11222D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.92 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] lmo0835, 100 mM NaCl, 20 mM Sodium Acetate, 5 mM Calcium Chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.92 mM [5% 13C biosynthetically directed labeling, U-99% 15N] lmo0835, 100 mM NaCl, 20 mM Sodium Acetate, 5 mM Calcium Chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.92 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] lmo0835, 100 mM NaCl, 20 mM Sodium Acetate, 5 mM Calcium Chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.92 mMlmo0835-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMNaCl-21
20 mMSodium Acetate-31
5 mMCalcium Chloride-41
0.92 mMlmo0835-5[5% 13C biosynthetically directed lableing, U-99% 15N]2
100 mMNaCl-62
20 mMSodium Acetate-72
5 mMCalcium Chloride-82
0.92 mMlmo0835-9[U-99% 13C; U-99% 15N]3
100 mMNaCl-103
20 mMSodium Acetate-113
5 mMCalcium Chloride-123
試料状態イオン強度: 125 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: no criteria
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: low energy, few violations, favoravle backbone torsions
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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