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- PDB-2kvj: NMR and MD solution structure of a Gamma-Methylated PNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kvj
タイトルNMR and MD solution structure of a Gamma-Methylated PNA duplex
要素Gamma-Modified Peptide Nucleic Acid
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID / PNA / gamma-methylated PNA / methyl modified PNA
機能・相同性PEP_NUC
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者He, W. / Crawford, M.J. / Rapireddy, S. / Madrid, M. / Gil, R.R. / Ly, D.H. / Achim, C.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2010
タイトル: The structure of a gamma-modified peptide nucleic acid duplex.
著者: He, W. / Crawford, M.J. / Rapireddy, S. / Madrid, M. / Gil, R.R. / Ly, D.H. / Achim, C.
履歴
登録2010年3月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: database_2 / entity_poly ...database_2 / entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-Modified Peptide Nucleic Acid
B: Gamma-Modified Peptide Nucleic Acid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6772
ポリマ－4,6772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 11model 1 is the average of 10 NMR-determined structures
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: Peptide nucleic acid Gamma-Modified Peptide Nucleic Acid


分子量: 2338.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Model 1 is the average structure, Models 2 to 11 are the NMR and MD- determined solution structure of a Gamma-methylated, palindromic, PNA duplex
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細内容: [dsPNA]=0.4 mM Peptide Nucleic Acid-1, 10 mM sodium phosphate buffer
溶媒系: 10 mM sodium phosphate buffer
試料濃度: 0.4 mM / 構成要素: Peptide Nucleic Acid-1
試料状態イオン強度: 17.6 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm構造決定
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 2 ns restrained MD
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: model 1 is the average of 10 NMR-determined structures
計算したコンフォーマーの数: 11 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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