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万見
- PDB-2kv8: Solution structure ofRGS12 PDZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kv8
タイトルSolution structure ofRGS12 PDZ domain
要素Regulator of G-protein signaling 12
キーワードSIGNALING PROTEIN / pdz domain
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase regulator activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / condensed nuclear chromosome / nuclear matrix / G alpha (i) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse ...GTPase regulator activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / condensed nuclear chromosome / nuclear matrix / G alpha (i) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / dendrite / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RGS12, RGS domain / Unstructured region between RBD and GoLoco / C-terminal unstructured region of RGS12 / Unstructured region of RGS12 / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / RGS, subdomain 1/3 ...RGS12, RGS domain / Unstructured region between RBD and GoLoco / C-terminal unstructured region of RGS12 / Unstructured region of RGS12 / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / RGS, subdomain 1/3 / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of G-protein signaling 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Lu, G. / Ji, P. / Huang, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Determining the Molecular Basis for the pH-dependent Interaction between the PDZ of Human RGS12 and MEK2
著者: Lu, G. / Zhang, J. / Ji, P. / Shi, Y.
履歴
登録2010年3月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of G-protein signaling 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6611
ポリマ－8,6611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Regulator of G-protein signaling 12 / RGS12


分子量: 8661.100 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain, UNP residues 18-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14924

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D HBHA(CO)NH
1413D HNCO
1513D 1H-15N NOESY
2623D 1H-13C NOESY
2722D 1H-13C HSQC
2823D (H)CCH-TOCSY
2923D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] pdz domain-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] pdz domain-2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMpdz domain-1[U-13C; U-15N]1
1 mMpdz domain-2[U-13C; U-15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11505.4ambient 293 K
25.4293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRPipe2.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MOLMOL2k.2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
Sparky3Goddardデータ解析
CSI1David S. Wishart解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1230 experimental distance restraint derived from NOE and hydrogen bonds and 66 dihedral angle restraints were utilized in the structure calculations
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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