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万見
- PDB-2kuz: 2-Aminopurine incorporation perturbs the dynamics and structure of DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kuz
タイトル2-Aminopurine incorporation perturbs the dynamics and structure of DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*G)-3')
キーワードDNA / 2-Aminopurine / fluorophore / structure perturbation
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Dallmann, A. / Dehmel, L. / Peters, T. / Muegge, C. / Griesinger, C.P. / Tuma, J. / Ernsting, N.P.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: 2-aminopurine incorporation perturbs the dynamics and structure of DNA.
著者: Dallmann, A. / Dehmel, L. / Peters, T. / Mugge, C. / Griesinger, C. / Tuma, J. / Ernsting, N.P.
履歴
登録2010年3月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9442
ポリマ－7,9442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量: 3976.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-13C HMQC
1232D 1H-13C HMQC
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-1H TOCSY
1512D DQF-COSY
1622D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM DNAstrandI, 3 mM DNAstrandII, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
23 mM DNAstrandI, 3 mM DNAstrandII, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
33 mM DNAstrandI, 3 mM DNAstrandII, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 20 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
3 mMDNAstrandI1
3 mMDNAstrandII1
10 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
3 mMDNAstrandI2
3 mMDNAstrandII2
10 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
3 mMDNAstrandI3
3 mMDNAstrandII3
10 mMsodium phosphate3
150 mMsodium chloride3
20 mg/mLPf1 phage3
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4Keller, R. et al.peak picking
CARA1.8.4Keller, R. et al.chemical shift assignment
X-PLOR NIH2.2Schwieters, C. et al.構造決定
X-PLOR NIH2.2Schwieters, C. et al.精密化
X-PLOR NIH2.2Schwieters, C. et al.geometry optimization
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
Gifa4Delsuc, M.A. et al.データ解析
3DNALu, X.J. et al.データ解析
PALESZweckstetter, M. et al.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Torsion angle dynamics, 50K at 20,000K with subsequent gradual cooling to 25K in 154 steps of 0.5 ps length (34 steps to cool down to 3,000 K, followed by 120 steps to reach the end ...詳細: Torsion angle dynamics, 50K at 20,000K with subsequent gradual cooling to 25K in 154 steps of 0.5 ps length (34 steps to cool down to 3,000 K, followed by 120 steps to reach the end temperature) and a final minimization (3,000 steps).
NMR constraintsNOE constraints total: 340 / NOE intraresidue total count: 144 / NOE sequential total count: 196
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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