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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ktc
タイトルSolution Structure of a Novel hKv1.1 inhibiting scorpion toxin from Mesibuthus tamulus
要素Potassium channel toxin alpha-KTx 9.4
キーワードTOXIN / BTK-2 / Scorpion Toxin / Kv1.1 / Disulfide bond / Ionic channel inhibitor / Neurotoxin / Potassium channel inhibitor / Secreted
機能・相同性Short scorpion toxin, potassium channel inhibitor alpha-KTx 8/9 / BmTXKS1/BmP02 toxin family / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 9.4
機能・相同性情報
生物種Mesobuthus tamulus (サソリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Kumar, G.S. / Upadhyay, S. / Mathew, M.K. / Sarma, S.P.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Solution structure of BTK-2, a novel hK(v)1.1 inhibiting scorpion toxin, from the eastern Indian scorpion Mesobuthus tamulus.
著者: Kumar, G.S. / Upadhyay, S. / Mathew, M.K. / Sarma, S.P.
履歴
登録2010年1月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_software ...citation / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel toxin alpha-KTx 9.4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6071
ポリマ－3,6071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium channel toxin alpha-KTx 9.4 / Bt BTK-2 / Toxin BTK-2


分子量: 3607.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesobuthus tamulus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60209
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H TOCSY
1422D 1H-1H NOESY
1513D CBCA(CO)NH
1613D C(CO)NH
1713D HNCO
1813D HN(CA)CB
1913D H(CCO)NH
11013D (H)CCH-COSY
11113D HNHA
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY
11413D HACAHBCOSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BTK2-1, methanolmethanol
21-2 mM BTK2-2, methanolmethanol
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMBTK2-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1-21
mMBTK2-21-22
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloreデータ解析
X-PLOR NIHKraulis構造決定
X-PLOR NIHKraulisデータ解析
X-PLOR NIHDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
X-PLOR NIHDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
X-PLOR NIHKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
X-PLOR NIHKoradi, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 373 / NOE intraresidue total count: 143 / NOE long range total count: 22 / NOE medium range total count: 54 / NOE sequential total count: 154 / Hydrogen bond constraints total count: 32
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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