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万見
- PDB-2kt3: Structure of Hg-NmerA, Hg(II) complex of the N-terminal domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kt3
タイトルStructure of Hg-NmerA, Hg(II) complex of the N-terminal domain of Tn501 Mercuric Reductase
要素Mercuric reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NmerA / MerA / mercuric reductase / HMA domain / Mercuric resistance / Mercury / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mercury(II) reductase / mercury (II) reductase (NADP+) activity / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / detoxification of mercury ion / mercury ion binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Mercury(II) reductase / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. ...Mercury(II) reductase / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Alpha-Beta Plaits - #100 / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mercuric reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Miller, S.M. / Ledwidge, R. / Danacea, F. / Dotsch, V.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: NmerA of Tn501 mercuric ion reductase: structural modulation of the pKa values of the metal binding cysteine thiols.
著者: Ledwidge, R. / Hong, B. / Dotsch, V. / Miller, S.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: NmerA, the metal binding domain of mercuric ion reductase, removes Hg2+ from proteins, delivers it to the catalytic core, and protects cells under glutathione-depleted conditions
著者: Ledwidge, R. / Patel, B. / Dong, A. / Fiedler, D. / Falkowski, M. / Zelikova, J. / Summers, A.O. / Pai, E.F. / Miller, S.M.
履歴
登録2010年1月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mercuric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1202
ポリマ－6,9191
非ポリマー2011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mercuric reductase / Hg(II) reductase


分子量: 6919.002 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal HMA domain, residues 1-69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: merA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P00392, mercury(II) reductase
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N TOCSY
1313D 1H-15N NOESY
1433D 1H-13C NOESY
1523D HNCA
1623D CBCA(CO)NH
1723D C(CO)NH
1823D HBHA(CO)NH
1923D H(CCO)NH
11013D HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0-2.0 mM [U-100% 15N] NmerA polypeptide-1, stoichiometric with NmerA mM MERCURY (II) ION-2, 10 mM [U-100% 2H] HEPES-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0-2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NmerA polypeptide-4, stoichiometric with NmerA mM MERCURY (II) ION-5, 10 mM [U-100% 2H] HEPES-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0-2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NmerA polypeptide-7, stoichiometric with NmerA mM MERCURY (II) ION-8, 10 mM [U-100% 2H] HEPES-9, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMNmerA polypeptide-1[U-100% 15N]1.0-2.01
mMMERCURY (II) ION-21
10 mMHEPES-3[U-100% 2H]1
mMNmerA polypeptide-4[U-100% 13C; U-100% 15N]1.0-2.02
mMMERCURY (II) ION-52
10 mMHEPES-6[U-100% 2H]2
mMNmerA polypeptide-7[U-100% 13C; U-100% 15N]1.0-2.03
mMMERCURY (II) ION-83
10 mMHEPES-9[U-100% 2H]3
試料状態イオン強度: 0.0176 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospin解析
XwinNMRBruker Biospincollection
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readenergy minimization
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thostructure analysis
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 689 / NOE intraresidue total count: 133 / NOE long range total count: 225 / NOE medium range total count: 170 / NOE sequential total count: 161
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.027 Å / Distance rms dev error: 0.006 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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