[日本語] English
万見
- PDB-2ks6: NMR solution structure of ALG13 --- obtained with iterative CS-Ro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ks6
タイトルNMR solution structure of ALG13 --- obtained with iterative CS-Rosetta from backbone NMR data.
要素UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13
キーワードTRANSFERASE / CS-Rosetta / Cyclic N-oxides / Endoplasmic reticulum / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosaminyldiphosphodolichol N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyldiphosphodolichol N-acetylglucosaminyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine transferase complex / cytoplasmic side of Golgi membrane / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / endoplasmic reticulum / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase, family 28, C-terminal / Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / iterative CS-Rosetta
データ登録者Lange, O.F. / Wang, X. / Prestegard, J.H. / Baker, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: NMR structure determination for larger proteins using backbone-only data.
著者: Raman, S. / Lange, O.F. / Rossi, P. / Tyka, M. / Wang, X. / Aramini, J. / Liu, G. / Ramelot, T.A. / Eletsky, A. / Szyperski, T. / Kennedy, M.A. / Prestegard, J. / Montelione, G.T. / Baker, D.
履歴
登録2009年12月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月1日Group: Refinement description
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5531
ポリマ－22,5531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13 / Asparagine-linked glycosylation protein 13


分子量: 22552.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ALG13, YGL047W / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)
参照: UniProt: P53178, N-acetylglucosaminyldiphosphodolichol N-acetylglucosaminyltransferase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This structure has been determined only from backbone NMR data: chemical shifts, RDCs and HN-HN NOEs. This data is a subset of the data used for related entry 2jzc.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D HN(CO)CA
1423D HN(COCA)CB
1513D 1H-15N NOESY
1633D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1843D 1H-13C NOESY
1952D S3-TROSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.35 mM [U-15N; U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.CD1 methyl] UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.35 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.35 mM [U-15N; U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.cd1 labeled; 1H Phe labeled] UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.35 mM [U-15N; U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.cd1 labeled; 1H Phe labeled] UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
50.35 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 3.5 w/v acrylamide, 3.5 w/v (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMUDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13[U-15N; U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.CD1 methyl]1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
0.35 mMUDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13[U-13C; U-15N; U-2H]2
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
0.02 %sodium azide2
0.35 mMUDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13[U-15N; U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.cd1 labeled; 1H Phe labeled]3
20 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
0.02 %sodium azide3
0.35 mMUDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13[U-15N; U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.cd1 labeled; 1H Phe labeled]4
20 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
0.02 %sodium azide4
0.35 mMUDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13[U-13C; U-15N; U-2H]5
20 mMsodium phosphate5
100 mMsodium chloride5
0.02 %sodium azide5
3.5 w/vacrylamide5
3.5 w/v(3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride5
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 297 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA9002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
NMRViewJohnson, B. et al.データ解析
CYANAGuntert, P. et al.データ解析
CS-ROSETTAShen, Y. et al.精密化
精密化手法: iterative CS-Rosetta / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る