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万見
- PDB-2kru: Solution NMR structure of the PCP_red domain of light-independent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kru
タイトルSolution NMR structure of the PCP_red domain of light-independent protochlorophyllide reductase subunit B from Chlorobium tepidum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CtR69A
要素Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B
キーワードOXIDOREDUCTASE / NESG / PSI / bchB / Bacteriochlorophyll biosynthesis / Chlorophyll biosynthesis / Photosynthesis / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent) / photosynthesis, dark reaction / light-independent bacteriochlorophyll biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit B / Light-independent protochlorophyllide reductase, B subunit / Protochlorophyllide reductase, ChlB, light independent / Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B-like, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit B / Light-independent protochlorophyllide reductase, B subunit / Protochlorophyllide reductase, ChlB, light independent / Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B-like, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase, C-terminal / Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者He, Y. / Eletsky, A. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the PCP_red domain of light-independent protochlorophyllide reductase subunit B from Chlorobium tepidum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CtR69A
著者: He, Y. / Eletsky, A. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2009年12月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Structure summary
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3191
ポリマ－7,3191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B / LI-POR subunit B / DPOR subunit B


分子量: 7319.390 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 484-537 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
株: TLS / 遺伝子: bchB, CT2151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q9F715, EC: 1.18.-.-

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C CT-HSQC ali
1322D 1H-13C CT-HSQC (methyl)
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D (H)CCH-COSY ali
110113C/15N-NOESY
11112D 1H-13C CT-HSQC aro
11213D (H)CCH-COSY aro
11312D 1H-15N LR-HSQC (Histidine)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.080 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.986 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.080 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES1
100 mMsodium chloride1
5 mMcalcium chloride1
0.02 %NaN31
0.986 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES2
100 mMsodium chloride2
5 mMcalcium chloride2
0.02 %NaN32
試料状態イオン強度: 117.5 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.1BVariancollection
PROSA6.4Guntert解析
XEASYBartels et al.データ解析
PINE1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
TALOS+1.2009.0721.18Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNS1.2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed iteratively with CYANA v2.1 using NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS+. The 20 conformers out of 100 with the ...詳細: Structure determination was performed iteratively with CYANA v2.1 using NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS+. The 20 conformers out of 100 with the lowest target function were further refined by simulated annealing in explicit water bath using the program CNS with OPLSX force field.
NMR constraintsNOE constraints total: 1013 / NOE intraresidue total count: 219 / NOE long range total count: 262 / NOE medium range total count: 273 / NOE sequential total count: 259 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 35 / Protein psi angle constraints total count: 35
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.06 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.224 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.011 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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