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万見
- PDB-2kri: Structure of a complex between domain V of beta2-glycoprotein I a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kri
タイトルStructure of a complex between domain V of beta2-glycoprotein I and the fourth ligand-binding module from LDLR determined with Haddock
要素
  • Beta-2-glycoprotein 1
  • Low-density lipoprotein receptor
キーワードPROTEIN BINDING/ENDOCYTOSIS / Antiphospholipid syndrome / Thrombosis / LDLR / Receptor / Disulfide bond / Glycoprotein / Heparin-binding / Sushi / PROTEIN BINDING-ENDOCYTOSIS complex
機能・相同性
機能・相同性情報


triglyceride transport / lipoprotein lipase activator activity / platelet dense granule lumen / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of microglial cell activation / very-low-density lipoprotein particle receptor activity ...triglyceride transport / lipoprotein lipase activator activity / platelet dense granule lumen / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of microglial cell activation / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / positive regulation of lipoprotein lipase activity / low-density lipoprotein particle clearance / clathrin heavy chain binding / negative regulation of receptor recycling / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / intestinal cholesterol absorption / blood coagulation, intrinsic pathway / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle receptor activity / response to caloric restriction / Chylomicron clearance / low-density lipoprotein particle binding / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / LDL clearance / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / high-density lipoprotein particle clearance / regulation of fibrinolysis / chylomicron / regulation of protein metabolic process / lipoprotein catabolic process / phospholipid transport / low-density lipoprotein particle / cholesterol transport / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / endolysosome membrane / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of endothelial cell migration / regulation of cholesterol metabolic process / negative regulation of protein metabolic process / artery morphogenesis / cellular response to fatty acid / triglyceride metabolic process / plasminogen activation / sorting endosome / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / long-term memory / negative regulation of fibrinolysis / phagocytosis / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / clathrin-coated pit / somatodendritic compartment / receptor-mediated endocytosis / cholesterol metabolic process / negative regulation of angiogenesis / cholesterol homeostasis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / phospholipid binding / lipid metabolic process / positive regulation of inflammatory response / endocytosis / apical part of cell / late endosome / Platelet degranulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / heparin binding / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / virus receptor activity / protease binding / : / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / early endosome / lysosome / receptor complex / endosome membrane / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / : / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A ...Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / : / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / : / Calcium-binding EGF domain / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor / Beta-2-glycoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest haddock score, model 1
データ登録者Beglova, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Mode of interaction between beta2GPI and lipoprotein receptors suggests mutually exclusive binding of beta2GPI to the receptors and anionic phospholipids.
著者: Lee, C.J. / De Biasio, A. / Beglova, N.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_sample_details ...pdbx_database_related / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_related.db_id / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-glycoprotein 1
B: Low-density lipoprotein receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0183
ポリマ－13,9782
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area920 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7650 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200lowest haddock score
代表モデルモデル #1lowest haddock score

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-glycoprotein 1 / Beta-2-glycoprotein I / Beta(2)GPI / B2GPI / Apolipoprotein H / Apo-H / Activated protein C-binding ...Beta-2-glycoprotein I / Beta(2)GPI / B2GPI / Apolipoprotein H / Apo-H / Activated protein C-binding protein / APC inhibitor / Anticardiolipin cofactor


分子量: 9582.129 Da / 分子数: 1 / 断片: Sushi-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOH, B2G1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02749
#2: タンパク質・ペプチド Low-density lipoprotein receptor / LDL receptor


分子量: 4395.716 Da / 分子数: 1 / 断片: LDL-receptor class A 4 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01130
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1323D HNCA
1423D HN(CA)CB
1523D HN(CO)CA
1613D HNCA
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CO)CA

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-1, 100 uM [U-100% 15N] entity_2-2, 300 uM [U-100% 15N] entity_2-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-4, 300 uM [U-100% 15N] entity_1-5, 515 uM [U-100% 15N] entity_1-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_2-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 uMentity_2-2[U-100% 15N]1
300 uMentity_2-3[U-100% 15N]1
600 uMentity_1-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
300 uMentity_1-5[U-100% 15N]2
515 uMentity_1-6[U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 25 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Gifa4.3Delsuc解析
Gifa4.3Delsucデータ解析
VNMRVariancollection
HADDOCK2Bonvin構造決定
xcrvfit4.0.12Robert Boyko, Brian Sykesデータ解析
HADDOCK2Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest haddock score
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest haddock score / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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