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万見
- PDB-2krh: Structure of the C-terminal actin binding domain of ABRA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2krh
タイトルStructure of the C-terminal actin binding domain of ABRA
要素Actin-binding Rho-activating protein
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN / muscle / actin binding / stress response / cardiac / Actin-binding / Cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Rho protein signal transduction / myofibril / sarcomere / protein import into nucleus / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Actin-binding Rho-activating protein / Costar domain / Costars domain / Costars domain superfamily / Costars / Costars / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-binding Rho-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsSolution state NMR structure of the second actin binding domain of ms1/STARS/ABRA.
データ登録者Fogl, C.L.F. / Pfuhl, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the C-terminal actin binding domain of ABRA
著者: Fogl, C.L.F. / Pfuhl, M.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-binding Rho-activating protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0451
ポリマ－10,0451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Actin-binding Rho-activating protein / ms1 / STARS / ABRA / Striated muscle activator of Rho-dependent signaling


分子量: 10044.783 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal actin binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Abra, Ms1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): BL21 STAR (Invitrogen) / 参照: UniProt: Q8K4K7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution state NMR structure of the second actin binding domain of ms1/STARS/ABRA.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1332D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.350mM [U-95% 13C; U-95% 15N] ABD2, 50mM sodium chloride, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.02% sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.300mM [U-95% 15N] ABD2, 50mM sodium chloride, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.250mM ABD2, 50mM sodium chloride, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMABD2[U-95% 13C; U-95% 15N]1
50 mMsodium chloride1
20 mMsodium phosphate1
2 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
300 uMABD2[U-95% 15N]2
50 mMsodium chloride2
20 mMsodium phosphate2
2 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
250 uMABD23
50 mMsodium chloride3
20 mMsodium phosphate3
2 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
Analysis1CCPNchemical shift assignment
Analysis1CCPNpeak picking
Analysis1CCPNchemical shift calculation
Analysis1CCPNデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TALOS2006Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3648 / NOE intraresidue total count: 813 / NOE long range total count: 566 / NOE medium range total count: 390 / NOE sequential total count: 1879 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 84 / Protein psi angle constraints total count: 84
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.3669 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.02 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.4822 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.14 Å / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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