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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2krh | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal actin binding domain of ABRA | ||||||
要素 | Actin-binding Rho-activating protein | ||||||
キーワード | ACTIN-BINDING PROTEIN / muscle / actin binding / stress response / cardiac / Actin-binding / Cytoskeleton | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of Rho protein signal transduction / myofibril / sarcomere / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein import into nucleus / actin cytoskeleton / actin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing | ||||||
Model details | Solution state NMR structure of the second actin binding domain of ms1/STARS/ABRA. | ||||||
データ登録者 | Fogl, C.L.F. / Pfuhl, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of the C-terminal actin binding domain of ABRA 著者: Fogl, C.L.F. / Pfuhl, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2krh.cif.gz | 635.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2krh.ent.gz | 546.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2krh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2krh_validation.pdf.gz | 342.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2krh_full_validation.pdf.gz | 480.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2krh_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2krh_validation.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/2krh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/2krh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10044.783 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal actin binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Abra, Ms1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): BL21 STAR (Invitrogen) / 参照: UniProt: Q8K4K7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Solution state NMR structure of the second actin binding domain of ms1/STARS/ABRA. | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.15 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 3648 / NOE intraresidue total count: 813 / NOE long range total count: 566 / NOE medium range total count: 390 / NOE sequential total count: 1879 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 84 / Protein psi angle constraints total count: 84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | Average torsion angle constraint violation: 0.3669 ° コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.02 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.4822 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.14 Å / 代表コンフォーマー: 1 |