[日本語] English
万見
- PDB-2kqk: Solution structure of apo-IscU(D39A) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kqk
タイトルSolution structure of apo-IscU(D39A)
要素NifU-like protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / IscU / iron-sulfur cluster / scaffold protein / isc system
機能・相同性
機能・相同性情報


IscS-IscU complex / L-cysteine catabolic process / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding ...IscS-IscU complex / L-cysteine catabolic process / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / ISC system FeS cluster assembly, IscU scaffold / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kim, J.H. / Fuzery, A.K. / Tonelli, M. / Vickery, L.E. / Markley, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Three-Dimensional Structure and Determinants of Stability of the Iron-Sulfur Cluster Scaffold Protein IscU from Escherichia coli.
著者: Kim, J.H. / Tonelli, M. / Kim, T. / Markley, J.L.
履歴
登録2009年11月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月11日Group: Database references
改定 1.32012年9月26日Group: Database references
改定 1.42021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NifU-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8221
ポリマ－13,8221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 NifU-like protein


分子量: 13821.562 Da / 分子数: 1 / 変異: D39A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b2529, icsU, iscu, JW2513, nifU, yfhN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0ACD4

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D HNCO
1623D HNCA
1723D HBHA(CO)NH
1823D H(CCO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D C(CO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11323D HN(CO)CA
11432D 1H-15N IPAP-HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-15N] IscU, 20 mM TRIS, 0.7 mM DSS, 5 mM DTT, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
22.0 mM [U-13C; U-15N] IscU, 20 mM TRIS, 0.7 mM DSS, 5 mM DTT, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
31.3 mM [U-13C; U-15N] IscU, 20 mM TRIS, 0.7 mM DSS, 5 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 150 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 3.9 mg Pf1 phage, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMIscU-1[U-15N]1
20 mMTRIS-21
0.7 mMDSS-31
5 mMDTT-41
150 mMsodium chloride-51
0.5 mMEDTA-61
0.02 %sodium azide-71
2.0 mMIscU-8[U-13C; U-15N]2
20 mMTRIS-92
0.7 mMDSS-102
5 mMDTT-112
150 mMsodium chloride-122
0.5 mMEDTA-132
0.02 %sodium azide-142
1.3 mMIscU-15[U-13C; U-15N]3
20 mMTRIS-163
0.7 mMDSS-173
5 mMDTT-183
0.5 mMEDTA-193
150 mMsodium chloride-203
0.02 %sodium azide-213
3.9 mg/mLPf1 phage-223
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Bruker DMXBrukerDMX7503

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CYANA_3.0_intel3.0_intelGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA_3.0_intel3.0_intelGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
VnmrJVariancollection
Atnos/CandidHerrmann, T.データ解析
XwinNMRBruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2102 / NOE intraresidue total count: 305 / NOE long range total count: 713 / NOE medium range total count: 525 / NOE sequential total count: 559 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 77 / Protein psi angle constraints total count: 77
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る