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万見
- PDB-2kq8: Solution NMR structure of a domain from BT9727_4915 from Bacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kq8
タイトルSolution NMR structure of a domain from BT9727_4915 from Bacillus thuringiensis, Northeast Structural Genomics Consortium Target BuR95A
要素Cell wall hydrolase
キーワードHYDROLASE / GFT NMR / protein structure / NESG / PSI / SH3 domain / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #110 / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Rhinovirus 14, subunit 4 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall hydrolase possible N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis serovar konkukian (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者He, Y. / Mills, J.L. / Wu, Y. / Eletsky, A. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...He, Y. / Mills, J.L. / Wu, Y. / Eletsky, A. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of a domain from BT9727_4915 from Bacillus thuringiensis, Northeast Structural Genomics Consortium Target BuR95A
著者: He, Y. / Mills, J.L. / Wu, Y. / Eletsky, A. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell wall hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8941
ポリマ－7,8941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cell wall hydrolase / Possible N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量: 7893.746 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 370-430 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar konkukian (バクテリア)
遺伝子: BT9727_4915 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q6HB52, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
131GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
141GFT (4,3)D HNNCABCA
151GFT (4,3)D HABCAB(CO)NHN
1613D HNCA
171simNOESY
1823D 1H-15N TOCSY
1913D HNCO
11022D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.905 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] BuR95A, 90 v/v H2O, 10 v/v [U-100% 2H] D2O, 20 mM NH4OAc, 200 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.041 mM [U-5% 13C; U-98% 15N] BuR95A, 90 v/v H2O, 10 v/v [U-100% 2H] D2O, 20 mM NH4OAc, 200 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.905 mMBuR95A-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
90 v/vH2O-21
10 v/vD2O-3[U-100% 2H]1
20 mMNH4OAc-41
200 mMNaCl-51
5 mMCaCl2-61
10 mMDTT-71
50 uMDSS-81
1.041 mMBuR95A-9[U-5% 13C; U-98% 15N]2
90 v/vH2O-102
10 v/vD2O-11[U-100% 2H]2
20 mMNH4OAc-122
200 mMNaCl-132
5 mMCaCl2-142
10 mMDTT-152
50 uMDSS-162
試料状態イオン強度: 217.5 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
VnmrJVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
PROSAGuntert解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich精密化
SPSCANGlaser解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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