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万見
- PDB-2kpv: NMR model of the first let-7 miRNA complementary site (LCS1) in 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kpv
タイトルNMR model of the first let-7 miRNA complementary site (LCS1) in 3'-UTR of lin-41 mRNA from C. elegans
要素RNA (34-MER)
キーワードRNA / stem-loop / adenine bulge / asymmetric internal loop / residual dipolar couplings / GAAA tetraloop
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, energy minimization
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Cevec, M. / Thibaudeau, C. / Plavec, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: NMR structure of the let-7 miRNA interacting with the site LCS1 of lin-41 mRNA from Caenorhabditis elegans.
著者: Cevec, M. / Thibaudeau, C. / Plavec, J.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (34-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9551
ポリマ－10,9551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy and least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 10954.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription using T7 RNA polymerase and DNA oligonucleotide template

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D NOESY
2212D 15N-HSQC
1322D 13C-HSQC
1422D DQF-COSY
2512D HNN-COSY
1622D TOCSY
1722D 1H-31P COSY
1832D 15N-IPAP-HSQC
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D (H)CCH-COSY
11123D 13C-separated-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (34-MER)-1, 10mM sodium phosphate-2, 20mM sodium chloride-3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
22mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (34-MER)-4, 10mM sodium phosphate-5, 20mM sodium chloride-6, 100% D2O100% D2O
31mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (34-MER)-7, 10mM sodium phosphate-8, 20mM sodium chloride-9, 17mg/mL Pf1 phage-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMRNA (34-MER)-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMsodium phosphate-21
20 mMsodium chloride-31
2 mMRNA (34-MER)-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMsodium phosphate-52
20 mMsodium chloride-62
1 mMRNA (34-MER)-7[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMsodium phosphate-83
20 mMsodium chloride-93
17 mg/mLPf1 phage-103
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1206.8ambient 303 K
2206.8ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian NMR systemVarianNMR system8001
Varian NMR systemVarianNMR system6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm精密化
Felix2002Accelrys Software Inc.データ解析
Felix2002Accelrys Software Inc.解析
VnmrJ2.1BVarianデータ収集
精密化手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: 810 NOE-derived distance restraints, 138 torsion angle restraints, 52 residual dipolar coupling restraints, 32 hydrogen bond restraints and 24 planarity restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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