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万見
- PDB-2kpi: Solution NMR structure of Streptomyces coelicolor SCO3027 modeled... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kpi
タイトルSolution NMR structure of Streptomyces coelicolor SCO3027 modeled with Zn+2 bound, Northeast Structural Genomics Consortium Target RR58
要素Uncharacterized protein SCO3027
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / zinc finger / PSI-2 / NESG / all beta / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Trm112-like / Trm112p-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Mainly Beta / cytosol / UPF0434 protein SCO3027
機能・相同性情報
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsC4 zinc-binding protein
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Garcia, M. / Yee, A. / Arrowmith, C.H. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of Streptomyces coelicolor SCO3027 modeled with Zn+2 bound, Northeast Structural Genomics Consortium Target RR58
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Garcia, M. / Yee, A. / Arrowmith, C.H. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein SCO3027
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1142
ポリマ－6,0491
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein SCO3027


分子量: 6048.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: SCD84.08c, SCE34.08c, SCO3027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold pMGK / 参照: UniProt: Q9KZL7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: C4 zinc-binding protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY aliph
1513D HNCO
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CA)CB
1813D HBHA(CO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-TOCSY
11124D (H)CCH NOESY
11213D C(CO)NH
11313D H(CCO)NH
11432D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM Tris, 300 mM sodium chloride, 10 mM zinc chloride, 10 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
210 mM Tris, 300 mM sodium chloride, 10 mM zinc chloride, 10 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O100% D2O
310 mM Tris, 300 mM sodium chloride, 10 mM zinc chloride, 10 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 0.9 mM [U-7% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMTris1
300 mMsodium chloride1
10 mMzinc chloride1
10 mMDTT1
0.01 %sodium azide1
0.9 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTris2
300 mMsodium chloride2
10 mMzinc chloride2
10 mMDTT2
0.01 %sodium azide2
0.9 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTris3
300 mMsodium chloride3
10 mMzinc chloride3
10 mMDTT3
0.01 %sodium azide3
0.9 mMprotein[U-7% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 200 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8502
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.4Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure validation
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5(PDBStat) R. Tejero, G.T. Montelioneデータ解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: xplor with hydrogen bond potential refinement
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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