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- PDB-2kp7: Solution NMR structure of the Mus81 N-terminal HhH. Northeast Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kp7
タイトルSolution NMR structure of the Mus81 N-terminal HhH. Northeast Structural Genomics Consortium target MmT1A
要素Crossover junction endonuclease MUS81
キーワードHYDROLASE / Helix-hairpin-Helix / tumour suppressor / DNA damage / DNA recombination / DNA repair / Endonuclease / Magnesium / Metal-binding / Nuclease / Nucleus / Phosphoprotein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / 3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / Fanconi Anemia Pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA catabolic process / replication fork processing ...Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / 3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / Fanconi Anemia Pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA catabolic process / replication fork processing / nuclear replication fork / double-strand break repair / DNA recombination / DNA repair / nucleolus / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like ...Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Crossover junction endonuclease MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Laister, R.C. / Wu, B. / Lemak, A. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure and DNA binding mode of the Mus81 n-terminal helix-hairpin-helix domain
著者: Laister, R.C. / Duan, S. / Wu, B. / Herzanych, N. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endonuclease MUS81


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1311
ポリマ－10,1311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Crossover junction endonuclease MUS81


分子量: 10130.780 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 11-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mus81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q91ZJ0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D C(CO)NH
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1713D 1H-15N NOESY
1823D CCH-TOCSY
1923D HCH-TOCSY
11023D 1H-13C NOESY
11123D 1H-13C NOESY aro
1122CB-HD
1132CB-HE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mus81 NTD, 25 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 2 mM benzamidine, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM EDTA, 0.5 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mus81 NTD, 25 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM benzamidine, 2 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM TCEP, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMMus81 NTD-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMsodium phosphate-21
500 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
2 mMbenzamidine-51
0.5 mMPMSF-61
0.5 mMEDTA-71
0.5 mMTCEP-81
1 mMMus81 NTD-9[U-100% 13C; U-100% 15N]2
25 mMsodium phosphate-102
500 mMsodium chloride-112
2 mMbenzamidine-122
2 mMDTT-132
0.5 mMEDTA-142
0.5 mMPMSF-152
0.5 mMTCEP-162
試料状態イオン強度: 500 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MDDGUI1Gutmanas and Arrowsmith解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVSBhattacharya and Montelionenmr structure quality assessment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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