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万見
- PDB-2kp2: Solution structure of the b' domain of thermophilic fungal protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kp2
タイトルSolution structure of the b' domain of thermophilic fungal protein disulfide isomerase
要素Protein disulfide-isomerase
キーワードISOMERASE / THIOREDOXIN FOLD / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


protein disulfide-isomerase / protein disulfide isomerase activity / response to endoplasmic reticulum stress / protein folding / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein disulfide-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Humicola insolens (菌類)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 10
データ登録者Kato, K. / Yamaguchi, Y. / Serve, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Redox-Dependent Domain Rearrangement of Protein Disulfide Isomerase Coupled with Exposure of Its Substrate-Binding Hydrophobic Surface
著者: Serve, O. / Kamiya, Y. / Maeno, A. / Nakano, M. / Murakami, C. / Sasakawa, H. / Yamaguchi, Y. / Harada, T. / Kurimoto, E. / Yagi-Utsumi, M. / Iguchi, T. / Inaba, K. / Kikuchi, J. / Asami, O. ...著者: Serve, O. / Kamiya, Y. / Maeno, A. / Nakano, M. / Murakami, C. / Sasakawa, H. / Yamaguchi, Y. / Harada, T. / Kurimoto, E. / Yagi-Utsumi, M. / Iguchi, T. / Inaba, K. / Kikuchi, J. / Asami, O. / Kajino, T. / Oka, T. / Nakasako, M. / Kato, K.
履歴
登録2009年10月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5051
ポリマ－14,5051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Protein disulfide-isomerase / PDI


分子量: 14505.343 Da / 分子数: 1 / 断片: B' Domain, UNP residues 228-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類) / プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P55059, protein disulfide-isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1323D 1H-13C NOESY
1412D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM [U-15N] PDI B'-1, 10mM sodium phosphate-2, 100mM potassium chloride-3, 10mM DTT-4, 99 % D2O99% D2O
21.0mM [U-13C; U-15N] PDI B'-5, 10mM sodium phosphate-6, 100mM potassium chloride-7, 10mM DTT-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMPDI B'-1[U-15N]1
10 mMsodium phosphate-21
100 mMpotassium chloride-31
10 mMDTT-41
1.0 mMPDI B'-5[U-13C; U-15N]2
10 mMsodium phosphate-62
100 mMpotassium chloride-72
10 mMDTT-82
試料状態イオン強度: 0.16 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
BRUKER DRXBrukerDRX8001
JEOL ECAJEOLECA9202

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker Biospincollection
XwinNMR2.6Bruker Biospin解析
Delta4.3.3JEOLcollection
Delta4.3.3JEOL解析
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
Sparky3.1Goddardpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler, Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2276 / NOE intraresidue total count: 464 / NOE long range total count: 780 / NOE medium range total count: 405 / NOE sequential total count: 627 / Protein phi angle constraints total count: 70 / Protein psi angle constraints total count: 70
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum torsion angle constraint violation: 11.3 ° / Maximum upper distance constraint violation: 1.5 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.07 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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