- PDB-2ko6: Solution structure of protein sf3929 from Shigella flexneri 2a. N... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2ko6
タイトル
Solution structure of protein sf3929 from Shigella flexneri 2a. Northeast Structural Genomics Consortium target SfR81/Ontario Center for Structural Proteomics Target sf3929
要素
Uncharacterized protein yihD
キーワード
Structural Genomics / Unknown function / alpha protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性
Protein of unknown function DUF1040 / Protein of unknown function DUF1040 / YihD-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1040) / Conserved Hypothetical Protein Ylqf; Chain: A; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Protein yihD / Protein yihD
手法: 溶液NMR 詳細: Though residue F76-A83 forms a helice, the C-terminal part (residue 61 to residue 89) are in disorder status, no interaction with the core
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
3D HNCO
1
2
1
3DCBCA(CO)NH
1
3
1
3DHBHA(CO)NH
1
4
1
3D HNCA
1
5
1
3DC(CO)NH
1
6
1
3DH(CCO)NH
1
7
1
3D (H)CCH-TOCSY
1
8
1
3D CCH-TOCSY
1
9
1
3D 1H-15N NOESY
1
10
1
3D 1H-13C NOESY
1
11
1
3D 1H-13C NOESY aromatic
-
試料調製
詳細
内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sf3929, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM zinc sulphate, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 10 mM benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
0.5mM
sf3929-1
[U-100% 13C; U-100% 15N]
1
10mM
TRIS-2
[U-100% 2H]
1
300mM
sodium chloride-3
1
10uM
zinc sulphate-4
1
10mM
DTT-5
[U-100% 2H]
1
10mM
benzamidine-6
1
1 %
inhibitor cocktail-7
1
試料状態
イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
800
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
NMRPipe
2.3
Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, PfeiferandBax
解析
MDDGUI
1
GutmanasandArrowsmith
解析
Sparky
3.95
Goddard
データ解析
Sparky
3.95
Goddard
peakpicking
FAWN
1
LemakandArrowsmith
chemicalshiftassignment
CYANA
2.1
Guntert, MumenthalerandWuthrich
構造決定
CNS
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
精密化
AutoStructure
Huang, Tejero, PowersandMontelione
nmrstructurequalityassessment
PSVS
BhattacharyaandMontelione
nmrstructurequalityassessment
精密化
手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20