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万見
- PDB-2ko2: NOGO66 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ko2
タイトルNOGO66
要素Reticulon-4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NOGO / peripheral / DPC micelle / myelin inhibitor / Endoplasmic reticulum / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collateral sprouting of injured axon / negative regulation of formation of growth cone in injured axon / cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of ERBB3 signaling pathway / endoplasmic reticulum tubular network formation / regulation of nervous system development / cerebral cortex radial glia-guided migration / endoplasmic reticulum tubular network organization / positive regulation of neutrophil migration / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization ...positive regulation of collateral sprouting of injured axon / negative regulation of formation of growth cone in injured axon / cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of ERBB3 signaling pathway / endoplasmic reticulum tubular network formation / regulation of nervous system development / cerebral cortex radial glia-guided migration / endoplasmic reticulum tubular network organization / positive regulation of neutrophil migration / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / negative regulation of vasculogenesis / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / endoplasmic reticulum tubular network membrane / positive regulation of macrophage migration / negative regulation of dendrite extension / positive regulation of artery morphogenesis / cell migration involved in vasculogenesis / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / intracellular sphingolipid homeostasis / central nervous system vasculogenesis / regulation of branching morphogenesis of a nerve / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / nuclear pore complex assembly / protein localization to lysosome / negative regulation of axon extension / cardiac epithelial to mesenchymal transition / leukocyte migration involved in inflammatory response / blastocyst formation / axonal fasciculation / positive regulation of hepatocyte proliferation / anchoring junction / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of Rac protein signal transduction / dendritic growth cone / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of epithelial cell migration / regulation of cell migration / cell projection / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of angiogenesis / cell junction / nuclear envelope / nervous system development / cellular response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynapse / postsynaptic density / protein stabilization / axon / neuronal cell body / synapse / lipid binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2480 / Reticulon / : / Reticulon / Reticulon domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cocco, M.J. / Schulz, J. / Vasudevan, S.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Protein folding at the membrane interface, the structure of Nogo-66 requires interactions with a phosphocholine surface.
著者: Vasudevan, S.V. / Schulz, J. / Zhou, C. / Cocco, M.J.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reticulon-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1441
ポリマ－9,1441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Reticulon-4 / Neurite outgrowth inhibitor / Nogo protein


分子量: 9144.463 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain (UNP residues 1025-1090) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kiaa0886, Nogo, Rtn4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99P72

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D DQF-COSY
1332D 1H-1H NOESY
1432D 1H-1H TOCSY
1523D 1H-15N NOESY
1623D 1H-13C NOESY
1733D (H)CCH-TOCSY
1833D HN(CA)CB
1933D HN(CO)CA
11033D HNCO
11133D HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1.0 mM NOGO-B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1.0 mM NOGO-B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5-1.0 mM NOGO-B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Conc. range (mg/ml)Solution-ID
mMNOGO-B-10.5-1.01
mMNOGO-B-20.5-1.02
mMNOGO-B-30.5-1.03
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: VARIAN INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
ANALYSIS1.0.15CCPNchemical shift assignment
NMRDraw2.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: XPLOR-NIH WAS USED FOR REFINING THE FOLDED PROTEINS. DIHERAL ANGLE RESTRAINTS AND PRE RESTRAINTS WERE ADDED DURING REFINEMENT.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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