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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kng | ||||||
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タイトル | Solution structure of C-domain of Lsr2 | ||||||
![]() | Protein lsr2 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding domain / Immune response | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to oxygen levels / DNA protection / nucleoid / response to iron ion / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / response to hydrogen peroxide / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane ...cellular response to oxygen levels / DNA protection / nucleoid / response to iron ion / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / response to hydrogen peroxide / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
![]() | Li, Y. / Xia, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lsr2 is a nucleoid-associated protein that targets AT-rich sequences and virulence genes in Mycobacterium tuberculosis 著者: Gordon, B.R. / Li, Y. / Wang, L. / Sintsova, A. / van Bakel, H. / Tian, S. / Navarre, W.W. / Xia, B. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 333.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 343.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6141.680 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-112 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lsr2 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.8mM [U-13C; U-15N] Lsr2C-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.8 mM / 構成要素: Lsr2C-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | イオン強度: 100 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |