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万見
- PDB-2kn7: Structure of the XPF-single strand DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kn7
タイトルStructure of the XPF-single strand DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*A)-3')
  • DNA repair endonuclease XPF
キーワードHYDROLASE/DNA / NER / XPF/ERCC1 / HhH / Protein-ssDNA complex / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair complex / negative regulation of telomere maintenance / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / UV protection ...telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair complex / negative regulation of telomere maintenance / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / UV protection / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / TFIID-class transcription factor complex binding / response to UV / telomere maintenance / Fanconi Anemia Pathway / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / nucleotide-excision repair / promoter-specific chromatin binding / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / regulation of autophagy / DNA repair / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XPF / : / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA repair endonuclease XPF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Das, D. / Folkers, G.E. / van Dijk, M. / Jaspers, N.G.J. / Hoeijmakers, J.H.J. / Kaptein, R. / Boelens, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The structure of the XPF-ssDNA complex underscores the distinct roles of the XPF and ERCC1 helix- hairpin-helix domains in ss/ds DNA recognition
著者: Das, D. / Folkers, G.E. / van Dijk, M. / Jaspers, N.G.J. / Hoeijmakers, J.H.J. / Kaptein, R. / Boelens, R.
履歴
登録2009年8月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月4日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair endonuclease XPF
D: DNA repair endonuclease XPF
B: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0174
ポリマ－21,0174
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA repair endonuclease XPF / DNA excision repair protein ERCC-4 / DNA repair protein complementing XP-F cells / Xeroderma ...DNA excision repair protein ERCC-4 / DNA repair protein complementing XP-F cells / Xeroderma pigmentosum group F-complementing protein


分子量: 7423.440 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in UNP 842-908 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92889, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3085.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1313D CBCA(CO)NH
1412D 1H-15N HSQC
1512D 1H-13C HSQC
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D C(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 80mM sodium phosphate-1, 2mM sodium chloride-2, 0.005-0.010mM AEBSF protease inhibitor-3, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Conc. range (mg/ml)Solution-ID
80 mMsodium phosphate-11
2 mMsodium chloride-21
mMAEBSF protease inhibitor-30.005-0.0101
試料状態イオン強度: 80-100 / pH: 5.2 / 圧: ambient / 温度: 293.8 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
CYANAHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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