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万見
- PDB-2kn6: Structure of full-length human ASC (Apoptosis-associated speck-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kn6
タイトルStructure of full-length human ASC (Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD)
要素Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
キーワードAPOPTOSIS / Multidomain modular protein structure / Interdomain mobility / Death domain / Inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome ...Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / macropinocytosis / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / interleukin-6 receptor binding / NLRP3 inflammasome complex assembly / BMP receptor binding / positive regulation of adaptive immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / CLEC7A/inflammasome pathway / osmosensory signaling pathway / negative regulation of interferon-beta production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pattern recognition receptor activity / tropomyosin binding / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of activated T cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of interleukin-10 production / The NLRP3 inflammasome / cellular response to interleukin-1 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of T cell migration / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / activation of innate immune response / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of interleukin-1 beta production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein homooligomerization / regulation of protein stability / positive regulation of T cell activation / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / azurophil granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protease binding / secretory granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / microtubule / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein dimerization activity / defense response to Gram-positive bacterium / regulation of autophagy / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / apoptotic process / Neutrophil degranulation / nucleolus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. ...CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者De Alba, E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and interdomain dynamics of apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD (ASC)
著者: de Alba, E.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2007
タイトル: 1H, 15N and 13C backbone and side chain chemical shifts of human ASC (apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD domain)
著者: de Alba, E.
履歴
登録2009年8月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8231
ポリマ－23,8231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD / hASC / PYD and CARD domain-containing protein / Target of methylation-induced silencing 1 / Caspase ...hASC / PYD and CARD domain-containing protein / Target of methylation-induced silencing 1 / Caspase recruitment domain-containing protein 5


分子量: 23823.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASC, CARD5, PYCARD, TMS1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYS / 参照: UniProt: Q9ULZ3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D 1H-15N NOESY
1313D HBHA(CO)NH
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HNCO
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1934D HCHC NOESY
NMR実験の詳細Text: Spectrometer with cryoprobe

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD-1, 0.1mM sodium azide-2, 5mM [U-2H] TCEP-3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.2mM [U-15N] Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD-4, 0.1mM sodium azide-5, 5mM TCEP-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.2mM [U-13C; U-15N] Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD-7, 0.1mM sodium azide-8, 5mM [U-2H] TCEP-9, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMApoptosis-associated speck-like protein containing a CARD-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.1 mMsodium azide-21
5 mMTCEP-3[U-2H]1
0.2 mMApoptosis-associated speck-like protein containing a CARD-4[U-15N]2
0.1 mMsodium azide-52
5 mMTCEP-62
0.2 mMApoptosis-associated speck-like protein containing a CARD-7[U-13C; U-15N]3
0.1 mMsodium azide-83
5 mMTCEP-9[U-2H]3
試料状態イオン強度: 0 / pH: 3.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
XwinNMRBruker Biospincollection
PROCHECKNMRLaskowski, MacArthurデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
PIPPGarrettpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio, Baxgeometry optimization
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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