PDB-2kn0: Solution NMR Structure of xenopus Fn14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kn0

タイトル

Solution NMR Structure of xenopus Fn14

要素

Fn14

キーワード

APOPTOSIS / Fn14 / TWEAK / TNF Receptor / CRD / mutagenesis

機能・相同性

Low-density Lipoprotein Receptor - #20 / Tumour necrosis factor receptor 12 / Tumour necrosis factor receptor stn_TNFRSF12A_TNFR domain / Low-density Lipoprotein Receptor / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Few Secondary Structures / Irregular / plasma membrane / Fn14

機能・相同性情報

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

fewest violations, model 1

データ登録者

Pellegrini, M. / Willen, L. / Perroud, M. / Krushinskie, D. / Strauch, K. / Cuervo, H. / Sun, Y. / Day, E.S. / Schneider, P. / Zheng, T.S.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: Structure of the extracellular domains of human and Xenopus Fn14: implications in the evolution of TWEAK and Fn14 interactions.
著者: Pellegrini, M. / Willen, L. / Perroud, M. / Krushinskie, D. / Strauch, K. / Cuervo, H. / Day, E.S. / Schneider, P. / Zheng, T.S.

履歴

登録	2009年8月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.3	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kn0.cif.gz	298 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kn0.ent.gz	245.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/2kn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/2kn0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kmzC 2kn1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kuy-d 4bmj-9 5nb8-3 1b8k-d 5nb8-1 5nb8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fn14

7.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	20 lowest energy structures
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Fn14 分子量: 7697.484 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-72 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: Fn14, tnfrsf12a / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6SIX7
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR / 詳細: solution NMR structure of xenopus Fn14 CRD
NMR実験	タイプ: 3D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 500-700 uM [U-99% 15N] xeFn14-1, 10 mM sodium phosphate-2, 137 mM sodium chloride-3, 2.7 mM potassium chloride-4, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
	uM	xeFn14-1	[U-99% 15N]	500-700	1
10 mM		sodium phosphate-2			1
137 mM		sodium chloride-3			1
2.7 mM		potassium chloride-4			1

試料状態

イオン強度: 140 / pH: 7.4 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger A. T. et.al.	構造決定
Sparky	3.11	Goddard	データ解析
CNS	1.1	Brunger A. T. et.al.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 20 lowest energy structures
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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