[日本語] English
万見
- PDB-2kmg: The structure of the KlcA and ArdB proteins show a novel fold and... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmg
タイトルThe structure of the KlcA and ArdB proteins show a novel fold and antirestriction activity against Type I DNA restriction systems in vivo but not in vitro
要素KlcA
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / KlcA / ArdB / NMR spectroscopy (核磁気共鳴分光法) / Anti-restriction / Plasmid (プラスミド)
機能・相同性Antirestriction protein / Antirestriction protein / Antirestriction domain superfamily / Antirestriction protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / KlcA
機能・相同性情報
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Serfiotis-Mitsa, D. / Herbert, A.P. / Roberts, G.A. / Soares, D.C. / White, J.H. / Blakely, G.W. / Uhrin, D. / Dryden, D.T.F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: The structure of the KlcA and ArdB proteins reveals a novel fold and antirestriction activity against Type I DNA restriction systems in vivo but not in vitro
著者: Serfiotis-Mitsa, D. / Herbert, A.P. / Roberts, G.A. / Soares, D.C. / White, J.H. / Blakely, G.W. / Uhrin, D. / Dryden, D.T.F.
履歴
登録2009年7月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: KlcA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6741
ポリマ－15,6741
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 KlcA


分子量: 15673.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: klcA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08L07

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: NMR derived solution structure of KlcA
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D CBCANH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CO
1613D HBHANH
1713D HBHA(CO)NH
1812D 1H-13C HSQC (Aromatic Selective)
1913D H(CCO)NH
11013D C(CCO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11212D 1H-13C HSQC
11313D 1H-15N NOESY
11413D 1H-13C NOESY
11512D (HB)CB(CGCD)HD
11612D (HB)CB(CGCDCE)HE
1173T1
1183T2
1193Heteronuclear NOE
1202IPAP for RDC measurement
12112D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM [U-98% 13C; U-98% 15N] KlcA-1, 20mM [U-100% 2H] sodium acetate-2, 0.05% sodium azide-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7mM [U-98% 15N] KlcA-4, 20mM [U-100% 2H] sodium acetate-5, 0.05% sodium azide-6, 6.25mg/mL Pf1 phage-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7mM [U-98% 15N] KlcA-8, 20mM [U-100% 2H] sodium acetate-9, 0.05% sodium azide-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMKlcA-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMsodium acetate-2[U-100% 2H]1
0.05 %sodium azide-31
0.7 mMKlcA-4[U-98% 15N]2
20 mMsodium acetate-5[U-100% 2H]2
0.05 %sodium azide-62
6.25 mg/mLPf1 phage-72
0.7 mMKlcA-8[U-98% 15N]3
20 mMsodium acetate-9[U-100% 2H]3
0.05 %sodium azide-103
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CcpNmr Analysis1.0.15CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis1.0.15CCPNデータ解析
CcpNmr Analysis1.0.15CCPNpeak picking
Azara2.7Boucher解析
ProcheckNMR3.5Laskowski and MacArthurstructure validation
WHAT IFVriendstructure validation
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る