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- PDB-2klb: NMR Solution structure of a diflavin flavoprotein A3 from Nostoc ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2klb
タイトルNMR Solution structure of a diflavin flavoprotein A3 from Nostoc sp. PCC 7120, Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR431C
要素Putative diflavin flavoprotein A 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PSI-2 / NESG / NsR431C / protein NMR / Q8YQD8 / Electron transport (電子伝達系) / Iron (鉄) / Metal-binding / Transport / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / 酸化還元酵素 / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / FMN-binding split barrel / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin-like domain profile. ...ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / FMN-binding split barrel / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative diflavin flavoprotein A 3
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Swapna, G.V.T. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Jiang, M. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Nair, R. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution structure of a diflavin flavoprotein A3 from Nostoc sp. PCC 7120, Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR431C
著者: Swapna, G.V.T. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Jiang, M. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Nair, R. / Montelione, G.T.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative diflavin flavoprotein A 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4751
ポリマ－16,4751
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 140structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative diflavin flavoprotein A 3


分子量: 16475.482 Da / 分子数: 1 / 断片: Flavodoxin-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: all3895, dfa3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q8YQD8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CO)CA
1813D HBHA(CO)NH
1913D 1H-13C NOESY
11013D 1H-15N NOESY
11132D 1H-15N HSQC
11232D 1H-13C HSQC
11322D 1H-15N HSQC
11422D 1H-13C HSQC
11523D 1H-13C NOESY
11613D (H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: Data acquisition on B600 was performed using 35ul of 1.18mM sample and a 1.7mm microcryoprobe. The structure was determined using triple resonance NMR spectroscopy. Automated backbone ...Text: Data acquisition on B600 was performed using 35ul of 1.18mM sample and a 1.7mm microcryoprobe. The structure was determined using triple resonance NMR spectroscopy. Automated backbone assignments were made using AutoAssign. Sidechain assignments were completed manually. Automated NOESY assignments were made using AutoStructure and structure solution was determined using AutoStructure and CYANA-2.1. The structure calculations were done including the C-terminal 6xHis tag LEHHHHHH. Resonance assignments were validated using AVS validation software.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.18 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NsR431C, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.18 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NsR431C 100% D2O100% D2O
31.18 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] NsR431C, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.18 mMNsR431C-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.18 mMNsR431C-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.18 mMNsR431C-3[U-10% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 5mM CaCl2, 200mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoAssign2.2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssign2.2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelione構造決定
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionechemical shift assignment
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS2.0.6Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS2.0.6Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 140 structures were calculated and 20 best conformers were refined in a shell of water using CNS. Initial dihedral angles were obtained using TALOS. Final quality scores were determined using ...詳細: 140 structures were calculated and 20 best conformers were refined in a shell of water using CNS. Initial dihedral angles were obtained using TALOS. Final quality scores were determined using PSVS software. Ordered residues are defined as: 2 - 9, 12 - 27, 31 - 36, 40 - 57, 61 - 79, 84 - 85, 87 - 89, 96 - 108, 110 - 111, 122 - 146; (a) RMSD (ordered residues) all Backbone atoms: 1.0A; all heavy atoms: 1.4A; (b) Ramachandran statistics for all ordered residues: Most favoured: 92.1%; Additionally allowed: 7.2%; Generously allowed: 0.6%; disallowed: 0.2%; (c) Procheck scores for ordered residues (Raw/Z)phi-psi -0.04/0.16, All:-0.10/-0.59. (d) MolProbity clash score (Raw/Z) 22.23/-2.12.
NMR constraintsNOE constraints total: 1672 / NOE intraresidue total count: 134 / NOE long range total count: 565 / NOE medium range total count: 481 / NOE sequential total count: 492
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 140 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 8.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 11.6 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.09 Å / Distance rms dev error: 0.09 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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