[日本語] English
万見
- PDB-2kki: Solution structure of human Interleukin 1a -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kki
タイトルSolution structure of human Interleukin 1a
要素Interleukin-1 alpha
キーワードCYTOKINE / Protein / Glycoprotein / Inflammatory response / Lipoprotein / Mitogen / Myristate / Polymorphism / Pyrogen / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of Sertoli cell barrier / positive regulation of neutrophil migration / positive regulation of steroid biosynthetic process / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / response to L-ascorbic acid / response to ozone / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / fever generation ...negative regulation of establishment of Sertoli cell barrier / positive regulation of neutrophil migration / positive regulation of steroid biosynthetic process / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / response to L-ascorbic acid / response to ozone / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / fever generation / intracellular sodium ion homeostasis / Interleukin-1 processing / interleukin-1 receptor binding / response to copper ion / keratinization / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / : / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / response to gamma radiation / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / heart development / cellular response to heat / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / spermatogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to hypoxia / inflammatory response / immune response / copper ion binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 alpha / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 ...Interleukin-1 alpha / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mohan, S.K. / Chang, H.-K. / Yu, C.
引用ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2010
タイトル: 1H, 13C and 15N backbone and side chain resonance assignments of human interleukin 1alpha
著者: Chang, H.-K. / Mohan, S.K. / Chin, Y.
履歴
登録2009年6月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2281
ポリマ－17,2281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 alpha / IL-1 alpha / Hematopoietin-1


分子量: 17227.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 121-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1A, IL1F1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P01583

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HNCO
1513D HN(CO)CA
1613D CBCA(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D C(CO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細内容: 10mM TRIS, 100mM sodium chloride, 1.4mM protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
10 mMTRIS-11
100 mMsodium chloride-21
1.4 mMentity-31
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.1Dr. Michael Nilges, Institut Pasteurautomated noe assignment
ARIA1.1Dr. Michael Nilges, Institut Pasteurnmr structure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angles
VnmrJVNMRJ_2.2CVarian解析
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 14 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る