PDB-2kjo: pH dependent structures of LAH4 in micellar environment: mode of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kjo

タイトル

pH dependent structures of LAH4 in micellar environment: mode of acting

要素

lah4

キーワード

DE NOVO PROTEIN / lah4 neutral

生物種

artificial gene (人工物)

手法

溶液NMR

データ登録者

Georgescu, J. / Bechinger, B.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2010
タイトル: NMR structures of the histidine-rich peptide LAH4 in micellar environments: membrane insertion, pH-dependent mode of antimicrobial action, and DNA transfection.
著者: Georgescu, J. / Munhoz, V.H. / Bechinger, B.

履歴

登録	2009年6月4日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kjo.cif.gz	167.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kjo.ent.gz	141.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/2kjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/2kjo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2kjnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hey-d 2mvj-d 1xc0-d 2lq2-d 2ovc-d 2b22-d 2mg1-d 376d-d 6rsf-d 2kdr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 16333

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: lah4

2.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average

#1: タンパク質・ペプチド	lah4 分子量: 2787.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) artificial gene (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY
1	4	1	2D ROESY

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM lah4-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: lah4-1
試料状態	イオン強度: 8 mM KH2PO4 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 317 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CCNMR	Cieslar C. et al	chemical shift assignment
CCNMR	Cieslar C. et al	データ解析
CCNMR	Cieslar C. et al	構造決定
CCNMR	Cieslar C. et al	解析
CCNMR	Cieslar C. et al	visualisation
CCNMR	Rullmann, Doreleijers and Kaptein	chemical shift assignment
CCNMR	Rullmann, Doreleijers and Kaptein	データ解析
CCNMR	Rullmann, Doreleijers and Kaptein	構造決定
CCNMR	Rullmann, Doreleijers and Kaptein	解析
CCNMR	Rullmann, Doreleijers and Kaptein	visualisation
CCNMR	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	chemical shift assignment
CCNMR	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	データ解析
CCNMR	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CCNMR	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	解析
CCNMR	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	visualisation
CCNMR	Laskowski and MacArthur	chemical shift assignment
CCNMR	Laskowski and MacArthur	データ解析
CCNMR	Laskowski and MacArthur	構造決定
CCNMR	Laskowski and MacArthur	解析
CCNMR	Laskowski and MacArthur	visualisation
CCNMR	Bruker Biospin	chemical shift assignment
CCNMR	Bruker Biospin	データ解析
CCNMR	Bruker Biospin	構造決定
CCNMR	Bruker Biospin	解析
CCNMR	Bruker Biospin	visualisation
CCNMR	Koradi, Billeter and Wuthrich	chemical shift assignment
CCNMR	Koradi, Billeter and Wuthrich	データ解析
CCNMR	Koradi, Billeter and Wuthrich	構造決定
CCNMR	Koradi, Billeter and Wuthrich	解析
CCNMR	Koradi, Billeter and Wuthrich	visualisation
CCNMR	Koradi, Billeter and Wuthrich	精密化

代表構造

選択基準: minimized average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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