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万見
- PDB-2kjm: Solution structure of SLBP RNA binding domain fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kjm
タイトルSolution structure of SLBP RNA binding domain fragment
要素Histone RNA hairpin-binding protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SLBP / histone mRNA / Stem-Loop Binding Protein / Hairpin Binding Protein / mRNA processing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


histone mRNA stem-loop binding complex / histone pre-mRNA stem-loop binding / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / cap-dependent translational initiation / histone pre-mRNA DCP binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / RNA Polymerase II Transcription Termination / mRNA transport ...histone mRNA stem-loop binding complex / histone pre-mRNA stem-loop binding / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / cap-dependent translational initiation / histone pre-mRNA DCP binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / RNA Polymerase II Transcription Termination / mRNA transport / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone RNA hairpin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Thapar, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Interaction of the histone mRNA hairpin with stem-loop binding protein (SLBP) and regulation of the SLBP-RNA complex by phosphorylation and proline isomerization.
著者: Zhang, M. / Lam, T.T. / Tonelli, M. / Marzluff, W.F. / Thapar, R.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone RNA hairpin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6681
ポリマ－3,6681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Histone RNA hairpin-binding protein / Histone stem-loop-binding protein


分子量: 3668.141 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 129-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLBP, HBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14493

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of the N-terminal 30 residue peptide from the RNA binding and processing domain of Stem-Loop Binding Protein (SLBP) that binds a 26 nucleotide hairpin in the 3' untranslated region of histone mRNAs.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1-7 mM SLBP30mer-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料単位: mM / 構成要素: SLBP30mer-1 / Conc. range: 1-7
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.解析
FelixAccelrys Software Inc.精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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