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万見
- PDB-2kjk: Solution structure of the second domain of the listeria protein L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kjk
タイトルSolution structure of the second domain of the listeria protein Lin2157, Northeast Structural Genomics Consortium target Lkr136b
要素Lin2157 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PDZ domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Endopeptidase La, PDZ domain / PDZ domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...Endopeptidase La, PDZ domain / PDZ domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Roll / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Wang, X. / Hamilton, K. / Xiao, R.H. / Lee, D. / Ciccosanti, C.H. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Swapna, G. / Everett, J.K. ...Wang, X. / Hamilton, K. / Xiao, R.H. / Lee, D. / Ciccosanti, C.H. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Swapna, G. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Lkr136b
著者: Wang, X. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.
履歴
登録2009年5月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin2157 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0801
ポリマ－11,0801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Lin2157 protein


分子量: 11079.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: lin2157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q929W6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D C(CO)NH
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1812D HSQC/TROSY
1922D HSQC/TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.18 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] lkr136b, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 200 mM sodium chloride, 20 mM sodium acetate, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.18 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] lkr136b, 4 % pentaethylene glycol monododecyl ether, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 20 mM sodium acetate, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.18 mMlkr136b-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMDTT-21
0.02 %sodium azide-31
200 mMsodium chloride-41
20 mMsodium acetate-51
5 mMcalcium chloride-61
1.18 mMlkr136b-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
4 %pentaethylene glycol monododecyl ether-82
200 mMsodium chloride-92
0.02 %sodium azide-102
10 mMDTT-112
20 mMsodium acetate-122
5 mMcalcium chloride-132
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: structures were first calculated using CYANA's automatic NOE assignment module, which is simulated annealing based. They were then refined in XPLOR-NIH using simulated annealing refinement protocol
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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