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万見
- PDB-2kj4: Solution structure of the complex of VEK-30 and plasminogen kringle 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kj4
タイトルSolution structure of the complex of VEK-30 and plasminogen kringle 2
要素
  • VEK-30
  • plasminogen
キーワードBLOOD CLOTTING / Protein/peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / YSIRK Gram-positive signal peptide / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wang, M. / Zajicek, J. / Prorok, M. / Castellin, F.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the complex of VEK-30 and plasminogen kringle 2.
著者: Wang, M. / Zajicek, J. / Geiger, J.H. / Prorok, M. / Castellino, F.J.
履歴
登録2009年5月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: plasminogen
B: VEK-30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9452
ポリマ－13,9452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 plasminogen


分子量: 10166.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
#2: タンパク質・ペプチド VEK-30


分子量: 3779.151 Da / 分子数: 1 / Fragment: Fragment of M protein, residues 85-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V4L8
Has protein modificationY
配列の詳細THE ATOM NUMBERING IN THE PDB FILE DIFFERS FROM THAT IN THE CITATION. THE NUMBERING IN THE CITATION ...THE ATOM NUMBERING IN THE PDB FILE DIFFERS FROM THAT IN THE CITATION. THE NUMBERING IN THE CITATION IS AS FOLLOWS. CHAIN A: TYR(-7) - ALA(80); CHAIN B: GLY(-2) - TYR(30)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-15N TOCSY
1422D 1H-15N HSQC
1523D 1H-15N NOESY
1622D 1H-1H TOCSY
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCA
1913D HNCO
11013D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] plasminogen, 1 mM VEK-30, 50 mM [U-100% 2H] HEPES, 200 mM sodium chloride, 3 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM plasminogen, 1 mM [U-15N] VEK-30, 50 mM [U-100% 2H] HEPES, 200 mM sodium chloride, 3 mM sodium azide, 0.2 mM DSS-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-13C; U-15N]1
1 mMentity_2-21
50 mMHEPES-3[U-100% 2H]1
200 mMsodium chloride-41
3 mMsodium azide-51
0.2 mMDSS-61
1 mMentity_1-72
1 mMentity_2-8[U-15N]2
50 mMHEPES-9[U-100% 2H]2
200 mMsodium chloride-102
3 mMsodium azide-112
0.2 mMDSS-122
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS, RECOORD
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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