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- PDB-2kiq: Solution structure of the FF Domain 2 of human transcription elon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kiq
タイトルSolution structure of the FF Domain 2 of human transcription elongation factor CA150
要素Transcription elongation regulator 1
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Human transcription elongation factor CA150 / RNA polymerase II C-terminal domain interacting protein / FF domain / Residual dipolar coupling / Activator / Alternative splicing / Coiled coil / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation factor activity / RNA polymerase binding / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA processing / transcription corepressor activity ...transcription elongation factor activity / RNA polymerase binding / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA processing / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
FF domain / Transcription elongation regulator 1-like / TCERG1 WW domain / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. ...FF domain / Transcription elongation regulator 1-like / TCERG1 WW domain / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / GLOBAL FOLD COMPUTATION BASED ON EXACT SOLUTIONS FROM RDCS, NOE ASSIGNMENT BASED ON HAUSDORFF-BASED PATTERN MATCHING, ENERGY-MINIMIZATION
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Zeng, J. / Boyles, J. / Tripathy, C. / Yan, A. / Zhou, P. / Donald, B.R.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2009
タイトル: High-resolution protein structure determination starting with a global fold calculated from exact solutions to the RDC equations.
著者: Zeng, J. / Boyles, J. / Tripathy, C. / Wang, L. / Yan, A. / Zhou, P. / Donald, B.R.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation regulator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3161
ポリマ－7,3161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy and acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcription elongation regulator 1 / TATA box-binding protein-associated factor 2S / Transcription factor CA150


分子量: 7315.560 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 724-782 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCERG1, CA150, TAF2S / プラスミド: pET15b-modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14776

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1623D (H)CCH-TOCSY
1713D HN(CO)CA
1813D HN(COCA)CB
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] CA150 FF2-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CA150 FF2-2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCA150 FF2-1[U-100% 15N]1
1 mMCA150 FF2-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 25 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
RDC-PANDA1RDC-PANDA (AUTHORS: J. ZENG, J. BOYLES, C. TRIPATHY, L. WANG, A. YAN, P. ZHOU AND B.R. DONALD)noe assignment
RDC-PANDA1RDC-PANDA (AUTHORS: J. ZENG, J. BOYLES, C. TRIPATHY, L. WANG, A. YAN, P. ZHOU AND B.R. DONALD)exact solutions for backbone conformations from rdcs
RDC-PANDA1RDC-PANDA (AUTHORS: J. ZENG, J. BOYLES, C. TRIPATHY, L. WANG, A. YAN, P. ZHOU AND B.R. DONALD)packing secondary structure elements using sparse noes, and computing global fold
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
精密化手法: GLOBAL FOLD COMPUTATION BASED ON EXACT SOLUTIONS FROM RDCS, NOE ASSIGNMENT BASED ON HAUSDORFF-BASED PATTERN MATCHING, ENERGY-MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: 1. ORIENTATIONS AND CONFORMATIONS OF SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS WERE CALCULATED USING THE RDC-EXACT MODULE, WHICH EXACTLY SOLVES A SYSTEM OF QUARTIC RDC EQUATIONS AND COMPUTES THE GLOBAL ...詳細: 1. ORIENTATIONS AND CONFORMATIONS OF SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS WERE CALCULATED USING THE RDC-EXACT MODULE, WHICH EXACTLY SOLVES A SYSTEM OF QUARTIC RDC EQUATIONS AND COMPUTES THE GLOBAL OPTIMAL SOLUTIONS OF BACKBONE DIHEDRAL ANGLES. 2. THE PACKER MODULE WAS USED TO DETERMINE THE TRANSLATIONS BETWEEN SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS USING A SPARSE SET OF NOE DISTANCE RESTRAINTS. THE HANA MODULE WAS USED TO COMPUTE NOE ASSIGNMENTS BASED ON A HAUSDORFF-BASED PATTERN MATCHING TECHNIQUE. THE STRUCTURES WERE REFINED AGAINST RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS USING XPLOR-NIH AND A WATER-REFINEMENT PROTOCOL.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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