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- PDB-2kid: Solution Structure of the S. Aureus Sortase A-substrate Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kid
タイトルSolution Structure of the S. Aureus Sortase A-substrate Complex
要素
  • (PHQ)LPA(B27) peptide
  • Sortase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SORTASE / EIGHT STRANDED BETA BARREL / TRANSPEPTIDASE / ENZYME-SUBSTRATE COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / ion binding / peptide binding / manganese ion binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Sortase A / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(PHQ)LPA(B27) PEPTIDE / Sortase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Suree, N. / Liew, C.K. / Villareal, V.A. / Thieu, W. / Fadeev, E.A. / Clemens, J.J. / Jung, M.E. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The structure of the Staphylococcus aureus sortase-substrate complex reveals how the universally conserved LPXTG sorting signal is recognized.
著者: Suree, N. / Liew, C.K. / Villareal, V.A. / Thieu, W. / Fadeev, E.A. / Clemens, J.J. / Jung, M.E. / Clubb, R.T.
履歴
登録2009年5月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase
C: (PHQ)LPA(B27) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3483
ポリマ－17,3082
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sortase


分子量: 16753.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 62-206 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: srtA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S446
#2: タンパク質・ペプチド (PHQ)LPA(B27) peptide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 555.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthesized substrate that mimics the LPXTG motif (native) substrate
参照: (PHQ)LPA(B27) PEPTIDE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-15N TOCSY
1533D 1H-13C NOESY
1633D CBCA(CO)NH
1733D C(CO)NH
1833D HNCO
1933D HN(CA)CB
11033D HBHA(CO)NH
11133D (H)CCH-TOCSY
11233D HNHA
11333D HNHB
11433D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sortase A, 1 mM Cbz-LPAT*, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 20 mM Calcium Chloride, 0.01 % sodium azide, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
21 mM [U-100% 15N] Sortase A, 1 mM Cbz-LPAT*, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 20 mM Calcium Chloride, 0.01 % sodium azide, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sortase A, 1 mM Cbz-LPAT*, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 20 mM Calcium Chloride, 0.01 % sodium azide, 100 % [U-100% 2H] D2O, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSortase A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMCbz-LPAT*-21
50 mMTRIS-31
100 mMsodium chloride-41
20 mMCalcium Chloride-51
0.01 %sodium azide-61
93 %H2O-71
7 %D2O-8[U-100% 2H]1
1 mMSortase A-9[U-100% 15N]2
1 mMCbz-LPAT*-102
50 mMTRIS-112
100 mMsodium chloride-122
20 mMCalcium Chloride-132
0.01 %sodium azide-142
93 %H2O-152
7 %D2O-16[U-100% 2H]2
1 mMSortase A-17[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 mMCbz-LPAT*-183
50 mMTRIS-193
100 mMsodium chloride-203
20 mMCalcium Chloride-213
0.01 %sodium azide-223
100 %D2O-23[U-100% 2H]3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 302 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
BRUKER AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHBrunger A. T. et.al.精密化
PIPPGarrettpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
SparkyGoddardpeak picking
Atnos/CandidHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: SOFTWARE USED: PIPP, NMRPIPE, ATNOS/CANDID, REFINEMENT: Residual Dipolar Couplings (RDC)
NMR constraintsNOE constraints total: 2454 / Protein chi angle constraints total count: 127
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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