[日本語] English
万見
- PDB-2kib: Protein Fibril -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kib
タイトルProtein Fibril
要素NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / IAPP / Amylin / SNNFGAILSS / Symmetry
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Nielsen, J.T. / Bjerring, M. / Jeppesen, M.D. / Pedersen, R.O. / Pedersen, J.M. / Hein, K.L. / Vosegaard, T. / Skrydstrup, T. / Otzen, D.E. / Nielsen, N.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Unique identification of supramolecular structures in amyloid fibrils by solid-state NMR spectroscopy.
著者: Nielsen, J.T. / Bjerring, M. / Jeppesen, M.D. / Pedersen, R.O. / Pedersen, J.M. / Hein, K.L. / Vosegaard, T. / Skrydstrup, T. / Otzen, D.E. / Nielsen, N.C.
履歴
登録2009年5月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
B: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
C: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
D: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
E: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
F: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
G: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide
H: NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7678
ポリマ－5,7678
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
NFGAIL segment from human islet amyloid polypeptide


分子量: 720.815 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NCA
121NCO
1312D 13C-13C DARR 2.5 ms mixing
1412D 13C-13C DARR 5 ms mixing
1512D 13C-13C DARR 20 ms mixing
1612D 13C-13C DARR 40 ms mixing
1712D 13C-13C DARR 100 ms mixing
1812D 13C-13C DARR 200 ms mixing

-
試料調製

詳細内容: 2.5 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] NFGAIL, 100% H2O / 溶媒系: 100% H2O
試料濃度: 2.5 mg/mL / 構成要素: NFGAIL / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 263 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software名称: X-PLOR NIH / バージョン: 2.18 / 開発者: Schwieters, C.D. et al. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.049 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る