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万見
- PDB-2khn: NMR solution structure of the EH 1 domain from human intersectin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khn
タイトルNMR solution structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646E.
要素Intersectin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / GFT NMR / high throughput / NESGC / human intersectin-1 / Alternative splicing / Calcium / Cell junction / Cell projection / Coiled coil / Endocytosis / Membrane / Phosphoprotein / SH3 domain / Synapse / Synaptosome / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / positive regulation of growth hormone secretion / postsynaptic endocytic zone / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / postsynaptic actin cytoskeleton / apical dendrite / proline-rich region binding / regulation of postsynapse organization / regulation of small GTPase mediated signal transduction ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / positive regulation of growth hormone secretion / postsynaptic endocytic zone / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / postsynaptic actin cytoskeleton / apical dendrite / proline-rich region binding / regulation of postsynapse organization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of dendritic spine development / intracellular vesicle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / clathrin-coated pit / EPHB-mediated forward signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / recycling endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / intracellular protein localization / nuclear envelope / G alpha (12/13) signalling events / protein transport / lamellipodium / presynaptic membrane / molecular adaptor activity / dendritic spine / intracellular signal transduction / neuronal cell body / calcium ion binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. ...Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mills, J.L. / Ghosh, A. / Garcia, E. / Zhang, Q. / Shastry, R. / Foote, E.L. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Mills, J.L. / Ghosh, A. / Garcia, E. / Zhang, Q. / Shastry, R. / Foote, E.L. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646E.
著者: Mills, J.L. / Ghosh, A. / Garcia, E. / Zhang, Q. / Shastry, R. / Foote, E.L. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2009年4月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intersectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6151
ポリマ－13,6151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Intersectin-1 / SH3 domain-containing protein 1A / SH3P17


分子量: 13614.548 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN1, ITSN, SH3D1A / プラスミド: pET14-15C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15811
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE DIFFERENCE AT POSITION 14 IS DUE TO STRAIN VARIATION.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1413D sim. 15N,13C NOESY
1513D HNCO
161GFT (4,3)D HNCABCA
171GFT (4,3)D CABCA(CO)NH
181GFT (4,3)D arom. (H)CCH
191GFT (4,3)D aliph. (H)CCH
1101GFT (4,3)D HABCAB(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.87 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HR3646E-1, 20 mM MES-2, 200 mM sodium chloride-3, 5 mM calcium chloride-4, 10 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.81 mM [U-5% 13C; U-98% 15N] HR3646E-7, 20 mM MES-8, 200 mM sodium chloride-9, 5 mM calcium chloride-10, 10 mM DTT-11, 0.02 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.87 mMHR3646E-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMMES-21
200 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
10 mMDTT-51
0.02 %sodium azide-61
0.81 mMHR3646E-7[U-5% 13C; U-98% 15N]2
20 mMMES-82
200 mMsodium chloride-92
5 mMcalcium chloride-102
10 mMDTT-112
0.02 %sodium azide-122
試料状態イオン強度: 430 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SPSCANGlaser解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelione構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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