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万見
- PDB-2kha: Solution Structure of a Pathogen Recognition Domain from a Lepido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kha
タイトルSolution Structure of a Pathogen Recognition Domain from a Lepidopteran Insect, Plodia interpunctella
要素Beta-1,3-glucan-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PROTEIN / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide immune receptor activity / (1->3)-beta-D-glucan binding / lipoteichoic acid binding / lipopolysaccharide immune receptor activity / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / regulation of innate immune response / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide binding ...polysaccharide immune receptor activity / (1->3)-beta-D-glucan binding / lipoteichoic acid binding / lipopolysaccharide immune receptor activity / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / regulation of innate immune response / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide binding / carbohydrate metabolic process / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-glucan-recognition protein, N-terminal domain / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal / Beta-1,3-glucan recognition protein, C-terminal / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal domain superfamily / Carbohydrate binding domain (family 32) / CBM39 (carbohydrate binding type-39) domain profile. / : / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Beta-1,3-glucan-recognition protein, N-terminal domain / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal / Beta-1,3-glucan recognition protein, C-terminal / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal domain superfamily / Carbohydrate binding domain (family 32) / CBM39 (carbohydrate binding type-39) domain profile. / : / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1,3-glucan-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plodia interpunctella (ノシメマダラメイガ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Dai, H. / Hiromasa, Y. / Fabrick, J. / Vandervelde, D. / Kanost, M. / Krishnamoorthi, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: An initial event in the insect innate immune response: structural and biological studies of interactions between beta-1,3-glucan and the N-terminal domain of beta-1,3-glucan recognition protein
著者: Dai, H. / Hiromasa, Y. / Takahashi, D. / VanderVelde, D. / Fabrick, J.A. / Kanost, M.R. / Krishnamoorthi, R.
履歴
登録2009年3月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 1.42021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucan-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6201
ポリマ－14,6201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Beta-1,3-glucan-binding protein / BGBP / Beta-1 / 3-glucan recognition protein / BetaGRP


分子量: 14620.365 Da / 分子数: 1 / 変異: K37R, V88A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plodia interpunctella (ノシメマダラメイガ)
プラスミド: pPROEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MU95

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D H(CCO)NH
1513D HN(CO)CA
1613D HNCO
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1.5-2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2-1, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料単位: mM / 構成要素: protein_2-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] / Conc. range: 1.5-2.0
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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