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- PDB-2kh9: Solution structure of yeast Prp24-RRM2 bound to a fragment of U6 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kh9
タイトルSolution structure of yeast Prp24-RRM2 bound to a fragment of U6 RNA
要素
  • 5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*U)-3'
  • U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
キーワードSPLICING/RNA / Protein/RNA / RRM / snRNP / Splicing / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / SPLICING-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNP / snRNA binding / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U6 snRNA binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Martin-Tumasz, S.A. / Butcher, S.E.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Structure and functional implications of a complex containing a segment of U6 RNA bound by a domain of Prp24.
著者: Martin-Tumasz, S. / Reiter, N.J. / Brow, D.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
B: 5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7812
ポリマ－12,7812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24 / U4/U6 snRNP protein


分子量: 10841.389 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 115-197 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRP24, YMR268C, YM8156.10C / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P49960
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*U)-3'


分子量: 1939.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D 1H-13C HSQC
1232D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1433D CBCA(CO)NH
1533D C(CO)NH
1633D HNCO
1733D HN(CA)CB
1833D HBHA(CO)NH
1933D (H)CCH-TOCSY
11033D 1H-15N NOESY
11123D 1H-13C NOESY
11222D 1H-1H NOESY
11312D 1H-1H NOESY
11432D 1H-15N HSQC-IPAP
11552D 1H-15N HSQC-IPAP
11633D J MODULATED CHSQC
11753D J MODULATED CHSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300 uM Prp24-RRM2-1, 3 mM AGAGAU-2, 10 mM [U-2H] TRIS-3, 50 mM potassium chloride-4, 100% D2O100% D2O
2500 uM [U-99% 15N] Prp24-RRM2-5, 5 mM AGAGAU-6, 10 mM [U-2H] TRIS-7, 50 mM potassium chloride-8, 100% D2O100% D2O
3500 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Prp24-RRM2-9, 5 mM AGAGAU-10, 10 mM TRIS-11, 50 mM potassium chloride-12, 1 mM DTT-13, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
4500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Prp24-RRM2-14, 5 mM AGAGAU-15, 10 mM TRIS-16, 50 mM potassium chloride-17, 1 mM DTT-18, 10 uM DSS-19, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
5300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Prp24-RRM2-20, 3 mM AGAGAU-21, 10 mM TRIS-22, 50 mM potassium chloride-23, 1 mM DTT-24, 6.5 % DMPC/DHPC 3:1-25, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMPrp24-RRM2-11
3 mMAGAGAU-21
10 mMTRIS-3[U-2H]1
50 mMpotassium chloride-41
500 uMPrp24-RRM2-5[U-99% 15N]2
5 mMAGAGAU-62
10 mMTRIS-7[U-2H]2
50 mMpotassium chloride-82
500 mMPrp24-RRM2-9[U-99% 13C; U-99% 15N]3
5 mMAGAGAU-103
10 mMTRIS-113
50 mMpotassium chloride-123
1 mMDTT-133
500 uMPrp24-RRM2-14[U-99% 13C; U-99% 15N]4
5 mMAGAGAU-154
10 mMTRIS-164
50 mMpotassium chloride-174
1 mMDTT-184
10 uMDSS-194
300 uMPrp24-RRM2-20[U-99% 13C; U-99% 15N]5
3 mMAGAGAU-215
10 mMTRIS-225
50 mMpotassium chloride-235
1 mMDTT-245
6.5 %DMPC/DHPC 3:1-255
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Varian INOVAVarianINOVA9003
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ..., and Kollm精密化
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
AtnosCandidHerrmann, T., Guentert, P., Wuethrich, K.構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
HADDOCK2Dominguez, C., Boelens, R., Bonvin, A.M.M.J.精密化
HADDOCK2Dominguez, C., Boelens, R., Bonvin, A.M.M.J.構造決定
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1466 / NOE intraresidue total count: 230 / NOE long range total count: 427 / NOE medium range total count: 353 / NOE sequential total count: 456 / Hydrogen bond constraints total count: 43 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 43 / Protein psi angle constraints total count: 43
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 7.5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.38 Å / Torsion angle constraint violation method: HADDOCK Output
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.015 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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