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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kgl | ||||||
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タイトル | NMR solution structure of MESD | ||||||
要素 | Mesoderm development candidate 2 | ||||||
キーワード | CHAPERONE / MESD / LRP5/6 / YWTD / Wnt | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / protein localization to cell surface / low-density lipoprotein particle receptor binding / mesoderm development / phagocytosis / ossification / Wnt signaling pathway / protein folding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Chen, J. / Wang, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Two Structural and Functional Domains of MESD Required for Proper Folding and Trafficking of LRP5/6. 著者: Chen, J. / Liu, C.C. / Li, Q. / Nowak, C. / Bu, G. / Wang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kgl.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kgl.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2kgl_validation.pdf.gz | 344.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2kgl_full_validation.pdf.gz | 510.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2kgl_validation.xml.gz | 74.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2kgl_validation.cif.gz | 90 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22074.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mesdc2 / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ERE7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.8-1.0 mM MESD, 25 mM sodium chloride, 10 mM EDTA, 10 mM DTT, 0.1 mM sodium azide, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1646 / NOE intraresidue total count: 171 / NOE long range total count: 397 / NOE medium range total count: 568 / NOE sequential total count: 510 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 132 / Protein psi angle constraints total count: 132 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | Average torsion angle constraint violation: 2.53 ° コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 6.61 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.28 Å / Torsion angle constraint violation method: TALOS | ||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.0062 Å / Distance rms dev error: 0.0013 Å |