PDB-2kgj: Solution structure of parvulin domain of PpiD from E.Coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kgj

タイトル

Solution structure of parvulin domain of PpiD from E.Coli

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D

キーワード

ISOMERASE / prolyl isomerase / parvulin / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Rotamase / Stress response / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

: / chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Weininger, U. / Jakob, R.P.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: The prolyl isomerase domain of PpiD from Escherichia coli shows a parvulin fold but is devoid of catalytic activity.
著者: Weininger, U. / Jakob, R.P. / Kovermann, M. / Balbach, J. / Schmid, F.X.

履歴

登録	2009年3月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kgj.cif.gz	311.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kgj.ent.gz	257.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kgj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kgj_validation.pdf.gz	403 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kgj_full_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示
XML形式データ	2kgj_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	2kgj_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zpv-6 3iwd-2 2icc-d 3zpv-7 3gqu-d 3zpv-9 3zpv-1 4nfb-d 2hu9-1 3zpv-15 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16211

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D / PPIase D / Rotamase D 分子量: 11173.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 264-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ppiD, ybaU, b0441, JW0431 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADY1, peptidylprolyl isomerase

#1: タンパク質

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D / PPIase D / Rotamase D

分子量: 11173.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 264-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ppiD, ybaU, b0441, JW0431 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADY1, peptidylprolyl isomerase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-15N NOESY
1	3	1	3D 1H-15N TOCSY
1	4	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 100 mM potassium phosphate-1, 5 mM [U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
100 mM	potassium phosphate-1		1
5 mM	entity-2	[U-15N]	1

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA	2	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA	2	Linge, O'Donoghue and Nilges	chemical shift assignment
ARIA	2	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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