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万見
- PDB-2kfj: Solution structure of the loop deletion mutant of PB1 domain of Cdc24p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kfj
タイトルSolution structure of the loop deletion mutant of PB1 domain of Cdc24p
要素Cell division control protein 24
キーワードSIGNALING PROTEIN / PB1 / Cdc24p / yeast / Guanine-nucleotide releasing factor / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / septin ring organization / division septum / protein localization to cell cortex / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / PAR polarity complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / cellular bud site selection ...regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / septin ring organization / division septum / protein localization to cell cortex / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / PAR polarity complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / regulation of Rho protein signal transduction / mating projection tip / establishment of cell polarity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell cortex / intracellular signal transduction / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cdc24/Scd1, N-terminal / Rho guanine nucleotide exchange factor Cdc24/Scd1, PH domain / : / CDC24 Calponin / Pleckstrin homology domain / PB1 domain / PB1 domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / : ...Cdc24/Scd1, N-terminal / Rho guanine nucleotide exchange factor Cdc24/Scd1, PH domain / : / CDC24 Calponin / Pleckstrin homology domain / PB1 domain / PB1 domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / : / PB1 domain profile. / Calponin homology domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ogura, K. / Tandai, T. / Yoshinaga, S. / Kobashigawa, Y. / Kumeta, H. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2009
タイトル: NMR structure of the heterodimer of Bem1 and Cdc24 PB1 domains from Saccharomyces cerevisiae
著者: Ogura, K. / Tandai, T. / Yoshinaga, S. / Kobashigawa, Y. / Kumeta, H. / Ito, T. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
履歴
登録2009年2月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0501
ポリマ－10,0501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cell division control protein 24 / Calcium regulatory protein


分子量: 10050.368 Da / 分子数: 1 / 断片: PB1 domain
変異: Asn770-Ser777 and Asn807-Asn809 are deleted by mutation.
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC24, CLS4, YAL041W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11433

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB

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試料調製

詳細内容: 1.0mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PB1-domain, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.0 mM / 構成要素: entity-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 150 sodium chloride / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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