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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ket | ||||||
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タイトル | solution structure of BMAP-27 | ||||||
![]() | Cathelicidin-6 | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / antimicrobial peptide / Antimicrobial / Fungicide / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() defense response to fungus / lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 5 | ||||||
![]() | Yang, S. / Jung, H. / Kim, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: solution structure of BMAP-27 著者: Yang, S. / Jung, H. / Kim, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 346.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3235.142 Da / 分子数: 1 / 断片: Cathelicidin-6 domain, UNP residues 132-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 5 mM BMAP-27-1, ethanol/water / 溶媒系: ethanol/water |
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試料 | 濃度: 5 mM / 構成要素: BMAP-27-1 |
試料状態 | pH: 4.3 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software | 名称: ![]() |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
NMR constraints | NOE constraints total: 294 / NOE intraresidue total count: 145 / NOE medium range total count: 53 / NOE sequential total count: 79 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 2.7 Å / Maximum upper distance constraint violation: 6.7 Å / 代表コンフォーマー: 5 |
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.77 Å / Distance rms dev error: 0.22 Å |