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- PDB-2ker: alpha-amylase inhibitor Parvulustat (Z-2685) from Streptomyces pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ker
タイトルalpha-amylase inhibitor Parvulustat (Z-2685) from Streptomyces parvulus
要素Alpha-amylase inhibitor Z-2685
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / alpha-amylase inhibitor / Parvulustat (Z-2685)
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase inhibitor / Alpha-amylase inhibitor / Alpha-amylase inhibitor superfamily / Alpha amylase inhibitor / Alpha amylase inhibitor / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase inhibitor Z-2685
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces parvulus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Rehm, S. / Han, S. / Hassani, I. / Sokocevic, A. / Jonker, H.R.A. / Engels, J.W. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2009
タイトル: The high resolution NMR structure of parvulustat (Z-2685) from Streptomyces parvulus FH-1641: comparison with tendamistat from Streptomyces tendae 4158
著者: Rehm, S. / Han, S. / Hassani, I. / Sokocevic, A. / Jonker, H.R.A. / Engels, J.W. / Schwalbe, H.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase inhibitor Z-2685


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2911
ポリマ－8,2911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Alpha-amylase inhibitor Z-2685 / Parvulustat


分子量: 8290.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces parvulus (バクテリア)
株: FH-1641 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 株 (発現宿主): TK24 / 参照: UniProt: P07512

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: High Resolution NMR solution structure of Parvulustat (Z-2685) from Streptomyces parvulus FH-1641
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H NOESY
1442D 1H-1H NOESY
1523D 1H-15N NOESY
1633D 1H-13C NOESY
1713D HNCO
1813D HN(CA)CB
1913D HBHA(CO)NH
11013D CBCA(CO)NH
11123D HNHA
11233D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Parvulustat-1, 30 mM sodium phosphate-2, 170 mM sodium chloride-3, 0.01 % sodium azide-4, 92.5% H2O/7.5% D2O92.5% H2O/7.5% D2O
20.5 mM [U-100% 15N] Parvulustat-5, 30 mM sodium phosphate-6, 170 mM sodium chloride-7, 0.01 % sodium azide-8, 92.5% H2O/7.5% D2O92.5% H2O/7.5% D2O
30.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Parvulustat-9, 30 mM sodium phosphate-10, 170 mM sodium chloride-11, 0.01 % sodium azide-12, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-100% 15N] Parvulustat-13, 30 mM sodium phosphate-14, 170 mM sodium chloride-15, 0.01 % sodium azide-16, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMParvulustat-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
30 mMsodium phosphate-21
170 mMsodium chloride-31
0.01 %sodium azide-41
0.5 mMParvulustat-5[U-100% 15N]2
30 mMsodium phosphate-62
170 mMsodium chloride-72
0.01 %sodium azide-82
0.5 mMParvulustat-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
30 mMsodium phosphate-103
170 mMsodium chloride-113
0.01 %sodium azide-123
0.5 mMParvulustat-13[U-100% 15N]4
30 mMsodium phosphate-144
170 mMsodium chloride-154
0.01 %sodium azide-164
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
Sparky3.113Goddardデータ解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1732 / NOE intraresidue total count: 526 / NOE long range total count: 713 / NOE medium range total count: 132 / NOE sequential total count: 361 / Hydrogen bond constraints total count: 38 / Protein phi angle constraints total count: 32 / Protein psi angle constraints total count: 32
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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