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万見
- PDB-2kep: Solution structure of XcpT, the main component of the type 2 secr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kep
タイトルSolution structure of XcpT, the main component of the type 2 secretion system of Pseudomonas aeruginosa
要素General secretion pathway protein G
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Methylation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system core protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Alphonse, S. / Durand, E. / Douzi, B. / Darbon, H. / Filloux, A. / Voulhoux, R. / Bernard, C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Pseudomonas aeruginosa XcpT pseudopilin, a major component of the type II secretion system
著者: Alphonse, S. / Durand, E. / Douzi, B. / Waegele, B. / Darbon, H. / Filloux, A. / Voulhoux, R. / Bernard, C.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9571
ポリマ－11,9571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein G / PilD-dependent protein pddA / XcpT


分子量: 11957.292 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3101, pddA, xcpT / プラスミド: peT22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-pLysS(DE3) / 参照: UniProt: Q00514

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-1H TOCSY
2212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-15N HSQC
1442D 1H-13C HSQC
1543D CBCA(CO)NH
1643D HNCO
1743D HNCA
1843D HN(CA)CB
1943D HBHA(CO)NH
11043D HN(CO)CA
11143D (H)CCH-TOCSY
11223D HNHA
11323D 1H-15N NOESY
11423D 1H-15N TOCSY
11543D HNHB
11643D HCACO
11732D 1H-15N HSQC
11832D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3mM XcpT, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9mM [U-15N] XcpT, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.9mM [U-15N] XcpT, 100% D2O100% D2O
40.9mM [U-13C; U-15N] XcpT, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMXcpT1
50 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
0.9 mMXcpT[U-15N]2
50 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
0.9 mMXcpT[U-15N]3
0.9 mMXcpT[U-13C; U-15N]4
50 mMsodium phosphate4
150 mMsodium chloride4
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17 ambient 290 K
27 ambiant 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
NMRView5.2.2.01Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView5.2.2.01Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.2.2.01Johnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOS3.851Cornilescu, Delaglio, Baxgeometry optimization
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
ProcheckNMR3.4Laskowski, MacArthurデータ解析
WHAT IF20080408-2247Vriendデータ解析
QUEEN1.1Nabuurs, Spronk, Krieger, Maassen, Vriend, Vuisterデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1113 / NOE intraresidue total count: 331 / NOE long range total count: 288 / NOE medium range total count: 173 / NOE sequential total count: 321 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 68 / Protein psi angle constraints total count: 77
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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