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万見
- PDB-2kel: Structure of the transcription regulator SvtR from the hypertherm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kel
タイトルStructure of the transcription regulator SvtR from the hyperthermophilic archaeal virus SIRV1
要素Uncharacterized protein 56B
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR / PROTEIN / HOMODIMER / RIBBON-HELIX-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / 56B-like, Ribbon-helix-helix / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein 56B
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 1 (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Guilliere, F. / Kessler, A. / Peixeiro, N. / Sezonov, G. / Prangishvili, D. / Delepierre, M. / Guijarro, J.I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure, function, and targets of the transcriptional regulator SvtR from the hyperthermophilic archaeal virus SIRV1.
著者: Guilliere, F. / Peixeiro, N. / Kessler, A. / Raynal, B. / Desnoues, N. / Keller, J. / Delepierre, M. / Prangishvili, D. / Sezonov, G. / Guijarro, J.I.
履歴
登録2009年1月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein 56B
B: Uncharacterized protein 56B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2652
ポリマ－13,2652
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein 56B / SvtR protein


分子量: 6632.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 1 (ウイルス)
遺伝子: 56B, gp08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8QL46

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2222D 1H-1H NOESY
1333D 1H-13C NOESY
1443D DOUBLY-FILTERED 1H-13C NOESY
1553D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.6 mM svtR, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM svtR, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 100% D2O100% D2O
31.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] svtR, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 88% H2O/12% D2O88% H2O/12% D2O
42.9 mM 50%[U-98% 13C; U-98% 15N]; 50% natural abundance svtR, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 88% H2O/12% D2O88% H2O/12% D2O
51.7 mM [U-98% 15N] svtR, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.6 mMsvtR-11
20 mMsodium acetate-2[U-2H]1
1.2 mMsvtR-32
20 mMsodium acetate-4[U-2H]2
1.5 mMsvtR-5[U-98% 13C; U-98% 15N]3
20 mMsodium acetate-6[U-2H]3
2.9 mMsvtR-750%[U-98% 13C; U-98% 15N]; 50% natural abundance4
20 mMsodium acetate-8[U-2H]4
1.7 mMsvtR-9[U-98% 15N]5
20 mMsodium acetate-10[U-2H]5
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.00045.5ambient 298 K
20.00045.5ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilgesnoe assignment
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
VnmrJ2.1BVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificpeak picking
ProcheckNMR3.4Laskowski and MacArthurデータ解析
WHAT IFVriendデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Residues 1-12 are disordered. Only coordinates for residues 11-56 are included. Structures were calculated with restraints for residues 11-56.
NMR constraintsNOE constraints total: 4072 / NOE intraresidue total count: 1075 / NOE long range total count: 453 / NOE medium range total count: 740 / NOE sequential total count: 808 / Hydrogen bond constraints total count: 54 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 60 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.1 Å / Torsion angle constraint violation method: CNS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0205 Å / Distance rms dev error: 0.0001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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