[日本語] English
万見
- PDB-2ke5: Solution structure and dynamics of the small GTPase Ralb in its a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ke5
タイトルSolution structure and dynamics of the small GTPase Ralb in its active conformation: significance for effector protein binding
要素Ras-related protein Ral-B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ral / Cancer / Signalling / G protein / GTPase / Cell membrane / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Prenylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of exocyst localization / regulation of exocyst assembly / positive regulation of autophagosome assembly / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / p38MAPK events / negative regulation of protein binding / cellular response to starvation / small monomeric GTPase ...regulation of exocyst localization / regulation of exocyst assembly / positive regulation of autophagosome assembly / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / p38MAPK events / negative regulation of protein binding / cellular response to starvation / small monomeric GTPase / receptor internalization / GDP binding / positive regulation of protein binding / positive regulation of protein phosphorylation / G protein activity / ATPase binding / midbody / Ras protein signal transduction / cell division / GTPase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Ral-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Fenwick, R. / Prasannan, S. / Campbell, L.J. / Nietlispach, D. / Evetts, K.A. / Camonis, J. / Mott, H.R. / Owen, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Solution structure and dynamics of the small GTPase RalB in its active conformation: significance for effector protein binding
著者: Fenwick, R.B. / Prasannan, S. / Campbell, L.J. / Nietlispach, D. / Evetts, K.A. / Camonis, J. / Mott, H.R. / Owen, D.
履歴
登録2009年1月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Ral-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4533
ポリマ－19,9061
非ポリマー5472
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Ral-B


分子量: 19906.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-185 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P11234
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1332D 1H-1H NOESY
1423D CBCA(CO)NH
1523D HNCO
1623D HNCA
1723D HN(CA)CB
1823D HBHA(CO)NH
1923D HN(CO)CA
11023D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-15N TOCSY
11323D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-99% 15N] RalB-1, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-2, 1 mM Magnesium chloride-3, 50 mM sodium phosphate-4, 100 mM sodium chloride-5, 0.05 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RalB-7, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-8, 1 mM Magnesium chloride-9, 50 mM sodium phosphate-10, 100 mM sodium chloride-11, 0.05 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM RalB-13, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-14, 1 mM Magnesium chloride-15, 50 mM sodium phosphate-16, 100 mM sodium chloride-17, 0.05 % sodium azide-18, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMRalB-1[U-99% 15N]1
0.6 mMPHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-21
1 mMMagnesium chloride-31
50 mMsodium phosphate-41
100 mMsodium chloride-51
0.05 %sodium azide-61
0.6 mMRalB-7[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.6 mMPHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-82
1 mMMagnesium chloride-92
50 mMsodium phosphate-102
100 mMsodium chloride-112
0.05 %sodium azide-122
0.6 mMRalB-133
0.6 mMPHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-143
1 mMMagnesium chloride-153
50 mMsodium phosphate-163
100 mMsodium chloride-173
0.05 %sodium azide-183
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Azara2.7Boucher解析
Analysis1CCPNchemical shift assignment
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgesambiguous noe assignment
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructural calculation
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 50 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る