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- PDB-2kdp: Solution Structure of the SAP30 zinc finger motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdp
タイトルSolution Structure of the SAP30 zinc finger motif
要素Histone deacetylase complex subunit SAP30
キーワードTRANSCRIPTION / sap30 / sin3 / zinc finger motif / nucleic acid interaction / Nucleus / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / skeletal muscle cell differentiation / histone deacetylase complex / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / transcription coregulator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / NoRC negatively regulates rRNA expression ...negative regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / skeletal muscle cell differentiation / histone deacetylase complex / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / transcription coregulator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / Potential therapeutics for SARS / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
His-Me finger endonuclease fold - #30 / Histone deacetylase complex subunit SAP30 zinc-finger / SAP30 zinc-finger / Histone deacetylase complex subunit SAP30/SAP30-like / Histone deacetylase complex subunit SAP30, Sin3 binding domain / SAP30, C-terminal domain superfamily / Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30 / His-Me finger endonuclease fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone deacetylase complex subunit SAP30
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者He, Y. / Imhoff, R. / Sahu, A. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of a novel zinc finger motif in the SAP30 polypeptide of the Sin3 corepressor complex and its potential role in nucleic acid recognition
著者: He, Y. / Imhoff, R. / Sahu, A. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase complex subunit SAP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1922
ポリマ－8,1261
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)47 / 3000structures with acceptable covalent geometry and in good agreement with experimental data
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase complex subunit SAP30 / Sin3-associated polypeptide / 30 kDa / Sin3 corepressor complex subunit SAP30


分子量: 8126.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75446
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D (H)CCH-COSY
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.56 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] SAP30 ZnF, 20 mM [U-13C; U-15N] TRIS, 20 mM [U-13C] acetic acid, 2 mM [U-2H] DTT, 0.2 % Sodium Azide, 0.56 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.56 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] SAP30 ZnF, 20 mM [U-13C; U-15N] TRIS, 20 mM [U-13C] acetic acid, 2 mM [U-2H] DTT, 0.2 % Sodium Azide, 0.56 mM zinc chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.56 mMSAP30 ZnF[U-95% 13C; U-95% 15N]1
20 mMTRIS[U-13C; U-15N]1
20 mMacetic acid[U-13C]1
2 mMDTT[U-2H]1
0.2 %Sodium Azide1
0.56 mMzinc chloride1
0.56 mMSAP30 ZnF[U-95% 13C; U-95% 15N]2
20 mMTRIS[U-13C; U-15N]2
20 mMacetic acid[U-13C]2
2 mMDTT[U-2H]2
0.2 %Sodium Azide2
0.56 mMzinc chloride2
試料状態イオン強度: 0.04 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
FelixAccelrys Software Inc.データ解析
FelixAccelrys Software Inc.peak picking
FelixAccelrys Software Inc.解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Tho精密化
ISD1.1Rieping, Habeck, and Lamazhapova精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were determined using a combination of replica-exchange Monte Carlo and bayesian inference using the Inferential Structure Determination program (ISD). NOE assignments were made using Aria and CNS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry and in good agreement with experimental data
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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